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山西黑茶山自然保护区内共有野生种子植物81科332属687种，其中裸子植物3科7属9种，被子植物78科325属678种（双子叶植物69科269属576种，单子叶植物9科56属102种）；保护区科的分布区类型为6种，其中热带分布数量和温带分布基本一致；属的分布区类型为15种，其中温带成分占绝对优势，中国特有成分不明显；在种一级水平上，温带分布、中国分布、东亚分布所占比例较大，因此，保护区植物区系种一级水平以温带分布为主，同时具有一定的中国特有性和古老性．