【摘 要】
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为利用高通量测序数据开展线粒体基因组研究,基于高通量第2代测序技术获得了美洲大鲵(Cryptobranchus alleganiensis)转录组数据,以近缘物种的线粒体全基因组为参考序列,利用
【机 构】
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中国水产科学研究院淡水渔业研究中心/农业部淡水渔业与种质资源利用重点实验室; 江苏农林职业技术学院; 南京农业大学无锡渔业学院;
【基金项目】
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江苏省水产三新工程项目(Y2013-51);江苏高校“青蓝工程”项目(苏教师[2016]15号);镇江市科技重点研发计划项目(NY2016004)
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为利用高通量测序数据开展线粒体基因组研究,基于高通量第2代测序技术获得了美洲大鲵(Cryptobranchus alleganiensis)转录组数据,以近缘物种的线粒体全基因组为参考序列,利用MITObim软件对其组装,并进行环化、注释和分析,采用邻接法(NJ法)构建美洲大鲵线粒体基因组序列的系统进化树。结果表明:美洲大鲵线粒体全基因组序列长度为16 358 bp,包含13个蛋白编码基因(PCG)、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个控制区。同时利用该项技术对中国大鲵(Andrias davidianus)转录组数据也提取线粒体组数据,并构建大鲵属的系统进化树,结果表明中国大鲵与日本大鲵(Andrias japonicus)亲缘性较近,获取的美洲大鲵与参考的美洲大鲵(Gen Bank登录号GQ368662)聚为一类。这一研究提示中国大鲵和美洲大鲵起源不同,遗传距离大。
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