黄河裸裂尻鱼(Schizopygopsis pylzovi)主要分布于青藏高原东北部兰州以上黄河干支流水系和高原北部柴达木内流水系,由于其对高原特殊生境表现出独特的适应性而受研究者关注。本文采用聚合酶链式反应(PCR)和直接测序的方法获得了一个分布于柴达木内流水系种群和四个黄河支流种群共99条个体的线粒体DNA(mtDNA)控制区(D-loop)821bp核苷酸的序列,探讨了其种群遗传结构和分化。99条个体的序列经比对后,发现77个(9.37%)多态性位点,共定义了53个单倍型,其中有一个单倍型(DT12)为两个种群(大通种群和互助种群)所共享,其余52个单倍型均为某个种群所特有。遗传多样性分析表明,柴达木种群的单倍型多样度(h=0.79±0.06)和核苷酸多样度(π=0.0027±0.0017)均略低于黄河支流各种群。AMOVA分析结果显示,遗传差异主要发生在种群之内,占75.39%,而不同水系的种群间只有24.61%,各种群间成对的Fst及遗传距离均表明种群间出现了一定程度的种群分化,但系统进化树显示出一种混杂的单倍型分布格局,提示青藏高原东北部地质事件所造成的水系间的隔离形成较晚。单倍型歧点分布呈现为单峰以及中性检验Tajima的D(-1.497,P=0.058)和Fu的Fs(-24.741,P=0.001)结果综合表明,黄河裸裂尻鱼在青藏高原隆升过程中曾经历过近期的种群扩张事件。