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长鳍吻鮈消化道由口咽腔、食道、肠和肛门几部分组成，食道粗短，肠较长，在活体内呈“N”形盘旋状；消化腺分为肝脏和胰腺，肝脏暗褐色，分被、腹两叶，胰为弥漫型，分布于口咽、食道肠壁和肝脏内，肉眼不可分辨；食道上皮为复层上皮，而肠上皮为单层柱状上皮，少量杯状细胞分布于食道、肠前段、肠中段上皮细胞之间，肠后段杯状细胞丰富；消化道肌肉层分2层，内层为环肌，外层为纵肌。肌肉层从肠前段到肠后段逐渐加厚；肝小叶不明显，肝细胞呈卵圆形或多角形。