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基于国家农业科技园区的创新过程和战略定位,提出一个包括5个一级指标的创新能力综合评价体系。并依据华东地区六省市42个国家农业科技园区的调查数据,利用AHP-TOPSIS模型对华东地区国家农业科技园区的综合创新能力及其一级分项指标进行了评价和排名。在K均值聚类分析基础上,将42个园区划分为创新引领区、创新示范区和创新稳健区3个类别。并使用障碍度模型分析不同类别园区的关键制约因素,给出三类园区创新能力改善的针对性建议,为国家农业科技园区创新能力建设提供理论参考依据。