[目的]黑果枸杞是我国荒漠区特有的药用盐生植物,本研究分析了黑果枸杞不同组织中内生细菌群落多样性特征及分布规律.[方法]应用Illumina MiSeq高通量测序技术对黑果枸杞内生细菌的16S rRNA V5-V7区域序列进行测定,并分析群落组成、多样性及功能等生物学信息.[结果]黑果枸杞不同组织内生细菌群落多样性及功能均有较大的差异.花、叶、果、茎和根产生的OTUs分别是182、173、119、187和254,群落多样性表现为根＞花＞果、茎＞叶.从门水平上看,变形菌门是优势菌门,在不同组织中均有分布,花、叶、果、茎和根中的相对丰度分别为87.66％、41.51％、81.76％、97.67％和61.85％.在属水平上显示内生细菌的分布表现出器官差异性.花部能够准确分类的优势菌属为沙雷氏菌属和不动杆菌属,相对丰度分别为11.57％和8.55％.叶部为红球菌属和慢生根瘤菌属,相对丰度分别为29.68％和5.53％.果实中为泛菌属、红球菌属和沙雷氏菌属,相对丰度分别为23.12％、5.52％和4.29％.茎部为沙雷氏菌属和假单胞菌属,相对丰度分别为12.03％和17.71％.根部为盐单胞菌属、Fodinicurvata和Lipingzhangella,相对丰度分别为24.18％、5.16％和4.86％.在不同组织中分布较广的盐单胞菌、沙雷氏菌、不动杆菌、红球菌、泛菌等菌属均具有较高耐盐性和促生、生防、降解有机污染物及抗氧化等功能.PICRUSt功能预测分析显示,黑果枸杞组织中内生细菌功能中涉及丰富的多糖、萜类和酮类、酶及维他命等次生代谢产物的生物合成.[结论]黑果枸杞内生细菌具有丰富的群落和功能多样性,拥有多种益生功能性状,也含有多个与人和植物体代谢相关的功能信息.不同组织优势菌属和功能信息各有不同,其中根部的内生细菌物种最丰富,花部和茎部参与各种代谢调控的细菌丰度最高.此外,不同组织中还含有大量未知种属的微生物类群,这些都为内生细菌功能利用和挖掘新的有益微生物资源提供广阔的发展空间.