对牦牛心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因进行了克隆测序,并与GenBank中9个物种相应基因编码区核苷酸序列进行了比对分析,在此基础上采用邻接法、最大简约法和最小进化法构建了牦牛与其它物种间分子系统进化树.结果表明,牦牛H-FABP基因由4个外显子和3个内含子组成,外显子1、外显子2、外显子3 和外显子4大小分别为73、173、102和54 bp,内含子1、内含子2和内含子3大小分别为3 460、1 892和1 495 bp.CDS序列全长为402 bp,前体氨基酸数为133个.不同物种间在该基因核苷酸序列上有较高的保守性.牦牛与普通牛、绵羊、山羊、猪、人、大鼠、小鼠、鸡、斑马鱼各物种在H-FABP基因编码区核苷酸序列上同源性大小分别为99.8%、97.8%、97.0%、92.8%、88.8%、83.3%、83.1%、76.4%、68.7%.通过邻接法、最大简约法和最小进化法用H-FABP基因编码区核苷酸序列构建的物种间分子系统进化树,结果表明,3种方法构建的物种间分子系统进化树基本一致.系统树总体分为两支,斑马鱼为独立的一支,而牦牛与其它物种为另一大分支.牦牛与普通牛、绵羊与山羊先分别聚在一起,然后再聚为一类;后与猪、人依次聚为一类.小鼠和大鼠先聚为一类,再与人和其它物种聚类,然后再与鸡聚为一类.该系统聚类结果与动物学分类一致,表明H-FABP基因适合于构建不同物种间的系统进化树.