目前，中央政府性资金中预算内部分由国家发展改革委和财政部管理，纳入预算管理的专项建设基金由行业主管部门使用和决策。有限的政府性资金分散到多个部门管理，不利于对政府投资项目决策依据相同的标准，也给决策者不规范决策提供了条件，不利于发挥政府性资金的效益。
　　自1998年中央实施积极财政政策以来，部分基础设施的瓶颈制约已得到一定程度的缓解。这些基金仍由相关部门使用，难免会出现投资需求较大的部门，受本部门掌握基金规模的限制无法满足投资需求，投资需求较小的部门，为了花掉每年的基金，对国民经济发展并不急需的项目也坚持要上的情况。
　　
　　一、逐步取消专项建设基金，将其并入中央预算内投资资金
　　
　　分阶段取消目前由行业主管部门使用的专项建设基金。先将目前分散使用的水利部的水利建设基金、铁道部的铁路建设基金、交通部的公路建设基金和民航总局的民航建设基金中的一半取消。取消的这一半专项基金进入预算内投资，加上目前由财政部管理使用的预算内资金的一半，集中到投资主管部门统一安排。对长期政府投入不足的公共产品领域进行相对集中的投入，争取用1—2个五年计划期使这些领域的公共产品短缺状况有一个较大的改观。最终将所有纳入预算内管理的专项基金和财政部安排的预算内投资资金，集中到投资主管部门，统筹安排。
　　
　　二、集中使用权和决策权有利于提高政府性资金的使用效益
　　
　　资金使用权或投资决策权的相对集中有以下好处：一是通过统筹安排，可以发挥有限政府性资金的最大使用效益。正在进行的体制转轨使政府性资金的需求压力很大，以人为本的科学发展观要求政府性资金应该首先满足公众和机构不断增长的对公共产品的需求。集中有限的资金统筹安排，可以将资金投入到国民经济和社会发展最需要的公共产品领域中去，发挥资金的最大效益。二是集中决策可以减少决策成本和提高决策效率。分散决策不仅增加管理成本，浪费行政资源，同时增加了项目单位的前期费用。投资体制改革方案实施后，投资主管部门有关投资管理的事务有所减轻，完全有人力管理这部分增加的投资。三是集中资金分配权可以减少公务人员可能的经济人行为对公众利益的侵蚀。四是集中管理也是目前我们正在建立的公共行政体制的要求。
　　
　　三、同一行政事务的分散管理不符合目前正在建立的公共行政管理体制的要求
　　
　　一种观点认为，政府性资金由一个以上的机构管理，可以在机构间形成竞争，促使相关部门改进管理，有利于提高资金的管理效益。这一说法看似合理，实际上是不符合我国实际的。政府性资金集中管理和分散管理问题实际上是政府行政中同一行政事务的集中管理与分散管理问题。
　　政府行政事务集中（或分散）程度由行政体制的发展阶段与水平决定。始于20世纪80年代西方大部分国家的“新公共管理”运动，其主张之一即是在政府公共管理事务中引入企业管理理念，如鼓励同一行政事务在政府部门间和地方政府间展开竞争，提高管理效率，以提高公共机构和公务人员的创造力，更好地满足公众对公共产品和公共服务的需求。但西方国家行政管理科层制发展了70—80年才开始进入新公共管理体制。我们没必要也不应该完全重复西方发达国家行政体制的发展道路，市场经济发展的阶段性，要求我们目前乃至今后相当长时期，公共行政体制改革的主要任务是建立和完善有中国特色的科层制，包括“加快形成行为规范、运转协调、公正透明、廉洁高效的行政管理体制”，“完善公务员制度”等。几千年的封建专制体制和长期计划经济下的公共权力人格化体制，更使得我国行政管理不可能完全逾越公共行政科层制阶段。而科层制的特点之一就是同一事务集中管理，部门间分工明晰，责任明确。