广东省农业面源污染负荷产生量大，对区域生态环境造成严重影响。采用清单分析法分析了近20年（1999—2019年）广东省农业面源污染负荷时空变化特征，探讨了农业面源污染的来源情况，并分析了农业生产投入强度、农业面源污染负荷和农业面源污染指标的关系。结果表明，近20年广东省农业面源污染总负荷下降6.08%，其中化学需氧量（COD）、总氮（TN）和总磷（TP）的污染负荷增幅分别为-11.88%、4.99%和 26.17%，耕地化肥和农药投入强度分别上升112.19%和60.38%。珠三角地区是广东省农业面源污染负荷最高的地区，其次分别是粤北、粤西和粤东地区。畜禽养殖是COD的主要来源，化肥和畜禽养殖是TN的主要来源，畜禽养殖和水产养殖是TP的主要来源，且水产养殖污染物排放占比呈现出明显上升趋势。不同区域的污染物来源存在一定差异，粤西、粤北和粤东地区COD和TP主要来源是畜禽养殖，TN的主要来源是化肥；珠三角地区水产养殖业成为TN和TP污染负荷的主要来源。广东省面源污染负荷总量下降主要源于城镇化水平的提高和农村人口比例减少。总体而言，广东省面源污染存在时间阶段性变化与空间差异，应当采取全面治理与针对性污染治理相结合的治理措施，全面加强化肥减量措施和养殖业污染治理，重点加强珠三角地区水产养殖污染治理和粤北地区农村生活污染治理。