近年来，中国特色新型智库建设势头强劲、成绩斐然，正在向纵深化、高端化发展，但也存在一些突出问题。进一步推动中国特色新型智库健康发展，需要处理好三个方面的关系。
　　竞争与合作的关系。解决改革发展中错综复杂的矛盾和问题，仅靠单一学科、单一组织的智慧是不够的，必须发扬团队精神，整合优质资源、聚合精干力量，针对重大问题进行协同创新、联合攻关。当前，我国区域性、行业性、专题性、国际性智库联盟不断涌现，关键是要建立专题策划、任务分解、资源整合、成果使用、绩效评估等方面的体制机制，使协同创新落到实处、取得实效、持续推进。当然，强调合作并非不要竞争，可从国家层面建立新型智库的公平竞争机制。比如，设立国家级的智库成果报送平台，向各类有资质的智库开放，其产出的成果通过这个平台随时上报上传。此外，为了规范竞争、确保智库市场健康发展，相关部门应研究制定智库行业标准，建立智库市场准入机制、监督检查机制、考核评级机制、第三方评价机制、奖励淘汰机制等。
　　综合与特色的关系。智库的存在价值，主要是弥补政府在研究视野、专业知识等方面的不足。政府工作人员的大量精力通常放在处理当前问题上，而对中长期、宏观层面的问题关注不够，而后者恰好是智库的强项。开展中长期问题、宏观问题研究，需要具备长期积累的、专业化的研究基础和能力，否则就不能得出令人信服的研究成果。所以，专业化的学术研究是智库研究的基础与前提。也就是说，没有一定学术研究能力和专业水平的人，很难成为一名优秀的智库工作者；同样，没有专业研究特色和优势的团队，也无法打造高水平的智库。精准定位、彰显特色是建设中国特色新型智库应遵循的基本原则，但强调特色、专业并不意味着学科的单一化、人员的单一化。建设中国特色新型智库，需要在专业化的基础上，在人员构成上尽量多学科化、身份来源上尽量多样化。
　　国内与国际的关系。现代智库起源于西方，无论数量、影响力还是已有话语体系，西方智库均占先机。在这样的背景下，中国智库工作者应增强忧患意识、赶超意识，同时力戒迷信西方、盲目模仿西方甚至依赖西方，必须走自己的路。比如，国家建设的新型智库必须“姓中”，以国家利益为核心；资金来源不能过于强调依靠市场，不能使用有复杂国外背景的基金，避免被对方利用，成为特定政治派别或利益集团的代理人、“传声筒”。在强调中国特色的同时，应本着“以我为主、为我所用”的原则，借鉴西方智库建设的成功经验和有益做法。应秉持开放的态度，加强国际交流合作，有条件的智库可聘用国外研究人员、购买国外智库研究成果。像国外一些研究基金一样，我们的智库可面向国外发布研究课题，建立海外分支机构，在中外智库交流互鉴中促进中国特色新型智库健康发展。