【摘 要】
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该文针对巨桉叶绿体基因组序列,选取其中长于300 nt且以AUG为起始密码子的43个非重复基因作为研究对象,采用CodonW1.4.2软件分析巨桉叶绿体基因组的密码子使用偏好性.结果 表
【机 构】
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广西优良用材林资源培育重点实验室,广西壮族自治区林业科学研究院,南宁530002;广西北部湾海洋生物多样性养护重点实验室,北部湾大学,广西钦州535011;钦州市植物生物技术重点实验室,广西钦州市林业
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该文针对巨桉叶绿体基因组序列,选取其中长于300 nt且以AUG为起始密码子的43个非重复基因作为研究对象,采用CodonW1.4.2软件分析巨桉叶绿体基因组的密码子使用偏好性.结果 表明:第3位密码子的平均GC含量为27.97％;ENC的变化范围为39.49～61.00,平均为47.04;RSCU＞1的密码子有31个,其中29个以A/U结尾;中性分析显示,GC12与GC3无显著相关;回归分析未达到显著性水平;ENC-plot分析发现,大部分基因落在曲线上或附近;对应分析表明第1轴的贡献率为17.68％,第2轴的贡献率为11.49％,第3轴、第4轴的贡献率分别为8.00％和5.76％,前4轴累计贡献率达42.93％,第1轴与GC、ENC、CAI达到极显著相关.上述分析结果表明,巨桉叶绿体基因组的密码子偏好较弱,密码子第3位偏好以A或U结尾,选择和突变在巨桉叶绿体基因组密码子偏好中起相对均衡的作用,最终确定UUG、CUU、GUU、UCC、UCA、ACA、UAU、UAA、CAU、AAU、AGA和GGA 12个高频高表达密码子为最优密码子.这为转化叶绿体基因密码子优化,提高表达效率和改良巨桉目标性状奠定了坚实基础.
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