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亚麻是重要的天然纤维作物，是麻纺织业的重要原料。利用分子标记技术进行亚麻耐盐碱性的研究目前尚未见报道，本研究首次以亚麻耐盐碱材料7000ha-1和不耐盐碱材料05-10为材料，对亚麻耐盐碱ISSR分子标记反应条件进行了优化，建立了一个稳定高效的反应体系，为下一步ISSR标记引物的筛选及应用于群体分析奠定基础。