基于叶绿体psbA-trnH基因间区序列鉴定山东丹参为新种

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为从分子水平鉴定山东丹参(Salvia shandongensis)及其近缘物种,本研究采用psbA-trnH序列对山东丹参、丹参(S.miltiorrhiza)和白花丹参(S.miltiorrhiza f.alba)共计33份材料进行了PCR扩增并测序,获得了该间隔区的完整序列。采用CodonCodeAligner进行序列拼接,应用MEGA5.0计算山东丹参及其近缘种的种内、种间的K2P距离,构建UPGMA树。结果显示,山东丹参psbA-trnH序列长度约为391 bp,丹参和白花丹参psbA-trnH序列长度约为386 bp,psbA-trnH序列在山东丹参及其近缘种种间存在丰富的变异,山东丹参种内平均K2P遗传距离为0,丹参和白花丹参种内平均K2P遗传距离分别为0.002和0.001,山东丹参与丹参种间遗传距离为0.034~0.04,与白花丹参种间遗传距离为0.005~0.008,山东丹参种内平均K2P遗传距离均远远小于丹参和白花丹参种间平均K2P遗传距离;聚类结果显示山东丹参与丹参、白花丹参(变型)可明显区分,这与形态分类特征相符。本研究首次从分子水平确立了山东丹参在植物分类学上的地位,揭示了山东丹参与近缘种之间的亲缘关系,为山东丹参药用植物新资源的开发提供DNA遗传分子鉴定的科学依据。研究结果表明psbA-trnH基因间区可作为条形码来鉴定山东丹参及其近缘种。
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