江户时代朱子学与反朱子学的正式对抗，始于伊藤仁斋。在这一时期日本出现了两股思潮：对朱子学纯粹化的真正追求与反朱子学的思潮兴起，即朱子学与反朱子学同时并行。其中反朱子学有一共同的思想特征，即否定朱子学的理气论而以气为核心，又以“性”为“气质之性”。仁斋与素行皆以朱子学为基础，同时又对朱子学展开批判。仁斋及益轩受到明代吴廷翰及郝敬等“气思想家”的影响，然而仁斋将天道与人道加以分离，主张人道的独立性，故而与“气思想家”在思想结构上存在着差异。仁斋与荻生徂徕都否定以理、气、心等观念为共同前提的天道人道一以贯之的主张。在江户时代前，日本人难以对日常价值观进行思想性的表达，而古学派思想家在以朱子为敌之同时，利用朱子学的问题意识以及思想表现的手段，最终实现了思想表达的理论化。