对NCBI数据库中210 878条高粱EST序列进行处理,得到57 498条无冗余EST序列,经SSR搜索,发现3 338个SSR分布于3 116条EST序列中,分布频率为1/11.28 kb,包括215种基元重复类型。其中三核苷酸重复最高,占68.33%,二核苷酸重复占17.97%。3 338条SSR序列中有1 694条序列能够设计出引物,所占比例为50.75%。选取14对引物进行合成,对50份高丹草、7份高粱和3份苏丹草材料进行了EST-SSR扩增,共检测到72个等位变异,平均每对引物检测出5.14个基因位点。每对引物多态性指数范围为0.54~0.93,遗传距离的变化范围0.1646~0.6398。结果显示:供试材料具有较丰富的遗传多样性,根据EST-SSR数据的聚类分析,将供试材料按亲缘关系远近分为5大类,来源相同的品种大致聚在一类,呈现出一定的地域性分布规律。同时发现4个特异分子标记,其中引物D1763只对314A和白壳苏丹草杂交后代GB-4-2高丹草审定品种产生特异性,此标记已作为该材料的特异性标记用于种质资源的鉴定中,同时表明,EST-SSR标记是高丹草遗传多样性及特异性研究的一种有效方法。