绿色技术创新是实现经济与环境可持续发展的重要保障，如何协同政府、市场和社会三方力量，提升绿色技术创新效率是亟待解决的现实问题。本文以制度理论为基础，构建了同时兼顾“绿色”和“创新”内涵的绿色技术创新效率评价体系，并使用数据包络分析方法进行了测算；在此基础上，利用定性比较分析方法，从制度组态视角分析了政府、市场和社会三方在提升绿色技术创新效率方面发挥的协同作用。研究发现：首先，单个制度因素并不构成高绿色技术创新效率提升的必要条件，但社会监督在促进高绿色技术创新效率上发挥较为普适的作用。其次，存在“市场-社会推动型”“政府-社会监管型”和“政府-市场-社会协同促进型”三种提升绿色技术创新效率的制度组合。最后，在缺少社会监督的情况下，即使政府充分发挥了监管和支持的作用，也不能导致高绿色技术创新效率，说明政府制度发挥作用存在限制条件。这些发现对于推进我国构建绿色技术创新体系，实现经济长期可持续发展具有重要的理论意义和政策启示。