跨国制药公司的管理部门设置各有特色，但总的来说，以下这些部门是它们的共同点：
　　总会计师：大多数跨国制药公司都强调在必须设立总会计师，总会计师通过预算和资金调控对企业整个经营活动起着主导作用。
　　生产部(或名制造部)：即生产科，亦即生产车间，在任何跨国制药企业都没有车间与科室的区分。
　　产品开发部：为了开发产品，大部分跨国制药企业均设有产品开发部(或名中试室)，跨国制药企业的产品开发，主要是从国外母公司引进品种和国内移植品种的重复试验、验证，并确定工艺、质量标准，以便向母公司和国内有关部门办理报批手续。有的跨国制药企业不单设开发部，把产品开发试验放在质管部。
　　质管部：或叫质控部、质检部。内部分设为质管(QA)和质控(QC)两个大组，分别负责质量管理和产品质量检测。上海施贵宝公司把QA、QC分设两个部。
　　物控部：如上海施贵宝、大连辉瑞制药品设有物控部，从工作内容来讲是生产指令和领料单由物控部发出，生产部只负责组织生产，从企业管理来讲是通过物料控制达到协调生产和各项经济活动的目的。
　　在我国企业中认为必不可少的技术科，大多数跨国制药企业中却没有这个设置，因为在跨国制药企业中只有原材料供应、设备、工艺固定、质量稳定的产品才能经过验证，以正式文件的形式进入生产部，如果在生产中遇到技术性的问题，那就是开发部的责任，因此技术部在跨国制药企业中没有存在的必要。
　　销售部：在跨国制药企业中这是一个重要部门，不仅人员多，而且分工也很细，销售人员占全公司人员1／4，并且仍处在继续增长的趋势。
　　销售部的机构设置也有两种模式：一种是上海施贵宝、西安杨森均是在销售部(或名市场营销部)之内分设市场、销售、药政三个小部。另一种模式是辉瑞制药在总经理之下分设市场、销售、医药三个部。为了突破重点城市和实施地区负责制，各跨国制药企业在各大区域设大区经理，各大城市设立办事处、销售经理或销售代
　　2002年、2003年大宗药品平均关税降至4—6％；医疗器械平均关税自加入WTO起由原10％左右降到6％左右，2002年降至4％，自加入时起取消大型医疗设备的任何非关税壁垒措施。
　　2003年1月1日起，开放药品的分销服务业务，取消地域数量限制，外商可在中国从事采购，仓储、运输、配送、批发、零售和售后服务。其中超过30家分店，销售来自多个供应商的不同种类和品牌商品的连锁店，外方不得控股。
　　医疗服务方面，允许外国服务提供者与中方合作伙伴一起设立中外合营医院和诊所，中外合资企业中外方投资比例限制在25—70％，根据中国的实际需要有数量限制。
　　营销管理：在营销机构中大体上分为市场、医药、销售三个重要组成部分。市场部负责制订长远的、全局性的营销策略，开展市场预测和推广，搜集和掌握市场信息、产品动态、研究消费者心理和行为，采取宣传推广对策，与各地医学专家保持密切联系，组织学术报告会、讲座和广告宣传等。医药部的工作主要是办理新产品的临床报批，翻译资料，审查产品反馈中的医学问题，这个部门对外着重于产品分配、销售人员的培训和地区办事处、销售经理的管理。在竞争日益激烈的庞大医药市场中，跨国制药企业依靠市场、医药和销售三个既有专责分工又相互配合互为补充，使产品知名度迅速扩大，销售量大幅度增长，这是很值得探索的。
　　随着市场逐渐扩大，企业在中心城市建立地区办事处、地区销售经理或地区代表、承担着销售服务各项业务，比较及时地满足市场需求，掌握市场动态及售后服务工作。
　　跨国制药企业非常重视销售人员的素质。认为销售人员代表着企业的形象，因此要求销售人员既要有较高的文化水平和专业知识，又要有较好的仪表。在跨国制药企业中，销售人员90％以上是医科和药科的本科毕业生。
　　在保证人员素质的前提下，销售人员数量在跨国制药企业中占据极大的比重，西安杨森制药、上海施贵宝、无锡华瑞制药等几个公司的销售人员均占全公司职工的20％以上，现在仍处于继续上升的趋势。