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分析了取自安徽宣城野生种群、安徽省扬子鳄繁殖研究中心和浙江长兴养殖种群的14条扬子鳄MHCⅡ类B基因第3外元的多态性。在这些扬子鳄样本中共检测到34个单倍型，每个亚种群内检测到的单倍型数量分别为15，9和10个，与其他一些动物如哺乳动物和鲤科鱼类相比，扬子鳄MHCⅡ类B基因第3外元多态性较高。另外，非同义替换率显著小于同义替换率，这可能表明扬子鳄种群MHCⅡ类B基因第3外元的多态性不是由平衡选择保持的。Tajima的中性检测拒绝了扬子鳄MHCⅡ类B基因第3外元多态性是由遗传漂变引起的零假设。D=-0．40