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应用PCR技术对广州市某宠物寄养所采集的一株D型犬源贾第虫和一株F型猫源贾第虫的核糖体IGS序列进行了扩增、克隆、测序，将测序结果与GenBank已上传的贾第虫相应序列进行比对分析，基于贾第虫IGS序列建立了具有良好特异性和敏感性的PCR检测方法，并对84份临床粪样进行了检测。结果显示，D型犬源贾第虫和F型猫源贾第虫的IGS序列长分别为1355 bp和1388 bp，贾第虫IGS序列存在多态性现象，种间差异明显，可以作为区分不同基因型的分子标记；建立的PCR方法能特异性扩增犬源贾第虫核糖体IGS序列，而犬蛔虫等对照虫体DNA均不能扩增，该方法对贾第虫DNA的最小检测量为82 fg，对84份临床粪样的检出率为3.57%，比传统镜检法高出2.38%，具有一定的临床应用价值。