芸薹属作物TT8基因鉴定与生物信息学分析

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为探明芸薹属作物TT8基因的序列特征和基因组组成,以拟南芥TT8基因为种子序列,利用BLAST工具对芸薹属作物(白菜、甘蓝、甘蓝型油菜、芥菜、黑芥)TT8同源基因进行系统鉴定,对其核苷酸和氨基酸序列进行比较分析。结果表明:在芸薹属作物中共鉴定出7个AtTT8同源基因,其中甘蓝型油菜2个、白菜1个、甘蓝1个、芥菜2个、黑芥1个。芸薹属作物7个TT8基因的基本理化性质、亚细胞定位和蛋白三级结构等均无明显差异;氨基酸序列高度相似,均属bHLH超家族,其中甘蓝型油菜两个TT8同源拷贝分别同白菜与甘蓝聚为一类,亲缘关系紧密;sgRNA分析获得了4条在7个AtTT8同源基因中均高度保守存在的sgRNA位点,推测与TT8基因功能高度相关。最后,本研究还分析43份甘蓝型油菜种质材料的重测序数据,在甘蓝型油菜TT8两个同源基因中共检测到11个多态性位点,包括4个SNP和7个InDel,总频率分别为0.001 09和0.001 99,均位于5’UTR区。
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