跨界公共问题治理的困境在于行政区划刚性约束和地方政府竞争双重作用下区域管辖权的缺失和地方政府权力的滥用,解决这一问题的关键在于区域管辖权的建构和对地方政府权力滥用的有效规制。而区域地方政府间合作则将既有的制度安排及其要素进行重新排列组合,即在不改变现有正式政府体系或对现有正式政府体系进行边际调整的情况下,通过行政协议、区域联合会、共同设立组织、建立特别区或多功能大行政区等合作方式,在横向关系上对行政权力进行对等约束、横向转移、跨行政区衔接,让渡行政权力或授权共同设立组织等,通过横向的不同程度的相互协调实现了有效的权力的自我规制和区域性管辖权的自我建构,从而为跨界区域公共问题的有效治理提供了必不可少的权力基础。要提升跨界公共问题治理的有效性,区域地方政府必须对横向权力关系进行深度协调,不断深化合作。