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以正确鉴别变压器励磁涌流和短路电流为目的，提出一种利用波形非正弦度分形估计的电力变压器励磁涌流与内部故障电流识别方案。利用变压器励磁涌流和内部故障电流波形特征的不同，对差动电流波形进行波形非正弦度计算并分析。通过复合形态滤波算法滤除信号中的各种噪声和扰动，保证了算法的可靠性。在比较励磁涌流与短路电流波形非正弦度各自特点的基础上，提出了一种新的变压器保护方案。仿真试验结果表明：该方法能可靠识别励磁涌流与短路电流，对轻微内部故障也有较高的灵敏度。