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从高新技术产业开发区运行效率入手，建立了我国高新区运行效率评价指标体系。基于2005年中国火炬计划统计资料，应用因子分析法和层次分析法对53个国家级高新区进行了评价，得到了53个高新区劳资效率、土地效率、研发效率和综合效率指标的得分及排序。评价结果显示，有些综合实力较强的园区运行效率却不高，高投入并没有带来高产出。在未来的发展中，不能只注重经济发展总量和规模扩张，要积极推进高新区的“二次创业”，努力实践科学发展观，重视园区经济发展质量．提高园区运行效率。