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二元财政是与中国二元经济结构共生的一种制度安排，它与二元经济互为因果、互相作用。对应于农业生产函数，二元财政通过资金、劳动力、土地、制度四个要素实现资源配置向城市倾斜。从计划经济时期到市场经济时期，二元财政经历了一个由显性到隐性的变迁过程，但至今依然存在。二元财政改革的难点是在公平和效率之间找到一个平衡点，推进城乡基本公共服务均等化；目标是助力二元结构转型。