2005年我国《公司法》修改后进一步完善和细化了公司股权转让的规定，允许公司通过章程对股权转让另行规定，但由于立法对章程自治的边界没有进行明确和统一标准，导致在司法实践中出现了诸多争议。2018年最高人民法院发布96号指导案例，就是为了解决实践中公司通过章程设置股权转让规定的合法性认定问题。该指导案例的具体处理结果以及理论指导意义是值得肯定的，但其在判决中将章程割裂为初始章程和后续修正章程，将章程效力类型化的做法，却与通常的司法实践相悖，并且存在一定的法理缺陷。另外，在对章程限制股权的效力认定中，过于强调公司人合性的保护，而忽视个别股东权益保护，这不但违背了公司立法的初衷，也极易造成公司股东之间人合性的实质损害。基于此，文章将以96号指导案例作为切入点，对公司章程的类型化区分合理性展开讨论，重点对公司初始章程以及修正章程的性质以及其对公司股权转让限制的效力作出分析，并在此基础上对司法实践中存在的章程限制股权转让的争议问题进行探究，认为对于章程限制股权转让的效力判断并没有固定统一的标准，必须兼顾合法性与合理性、正当性的审查，同时坚持个案判断的原则，注重程序和实质双方面审查。