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近年来，随着珠江三角洲各地区创新产出的普遍提高，创新产出在空间上呈现日趋集聚的现象，区域之间创新能力的差别也越来越明显。应用TOPl指数及泰尔指数等方法，以专利授权量代表创新产出，选取研发投入等指标，建立计量经济模型，测度了珠江三角洲九个城市之间创新产出的分布不均衡情况，并深入探究其内在原因。研究结果表明：研发经费和研发人员投入、外商直接投资（FDI）对创新产出有显著的正向影响，而集聚效应却与创新产出呈弱的负相关。最后提出政策建议。