【摘 要】
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基于Illumina平台对朱砂根和红凉伞叶绿体全基因组进行测序，利用生物信息学比较叶绿体基因组结构特征与变异程度，旨在明确朱砂根（Ardisia crenata）及红凉伞（Ardisia crenata var. bicolor）叶绿体基因组特征及差异，并与同科其他物种叶绿体全基因组进行比较分析，确定其在紫金牛属系统发育位置。结果表明，朱砂根和红凉伞均为由一个大单拷贝区（LSC）、一个小单拷贝区（
【机 构】
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贵州中医药大学药学院药食两用资源应用与开发研究中心
【基金项目】
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国家重点研发计划项目（2018YFC1708100）； 贵州省科技计划项目（黔科合平台人才[2019]5407）； 贵州省“十四五”中医药民族医药重点学科[QZYYZDXK（JS）-2021-03]； 贵州省中医药管理局中医药民族医药科学技术研究课题（QZYY-2021-098）；
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基于Illumina平台对朱砂根和红凉伞叶绿体全基因组进行测序，利用生物信息学比较叶绿体基因组结构特征与变异程度，旨在明确朱砂根（Ardisia crenata）及红凉伞（Ardisia crenata var. bicolor）叶绿体基因组特征及差异，并与同科其他物种叶绿体全基因组进行比较分析，确定其在紫金牛属系统发育位置。结果表明，朱砂根和红凉伞均为由一个大单拷贝区（LSC）、一个小单拷贝区（SSC）和一对反向重复区（IRa/IRb）构成的环状四分体结构，注释得到132个基因，其重复序列的类型与分布模式相似，但数量有所差异。其中psbA、matK、rpoC2、ropB、ndhK、accD、ndhF、ndhD、ndhH及ycf1等基因的编码区存在差异，这些位点为朱砂根分子鉴定提供新位点。朱砂根及红凉伞叶绿体基因组具有较高保守性，叶绿体基因组之间没有重排或倒置，IR区序列变异最低，SSC区变异程度最高。系统发育树分析表明紫金牛科和报春花科为两个分支，朱砂根和红凉伞归为紫金牛科，且朱砂根与红凉伞亲缘关系最为密切，从分子水平为红凉伞作为朱砂根变种提供了科学解释。本研究解析了朱砂根及变种红凉伞叶绿体基因组结构，探讨了紫金牛科属间系统发育关系，也为紫金牛科药用植物分类鉴定、系统进化及资源开发利用研究奠定基础。
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