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学案体史籍，是我国古代史家记述学术发展历史的一种特殊编纂形式，其源于传统的纪传体史籍，系变通正史中的《儒林传》《艺文志》，兼取佛家灯录体史籍之所长，经过长期酝酿演化而成。所谓学案，就其字义而言，意即学术公案。公案本佛门禅宗语，即档案、资料之意。顾名思义，学案体史籍以学者论学资料的辑录为主体，合其生平传略及学术总评为一堂，据以反映一个学者、一个学派，乃至一个时代的学术风貌，从而具备了晚近所谓学术史的意义。
学案体雏形肇始于朱熹著《伊洛渊源录》，定型于黄宗羲著《明儒学案》，而最终完善和成熟则是《宋元学案》。《宋元学案》是一部记述宋元两代学术思想发展概况的著作，由黄宗羲发凡起例，主要由全祖望撰定，全书100卷。是我国封建社会中卷目最大、体例最完备的一部学术思想史著作。书中全面而详细地记述了当时的学派源流，介绍了各派的学说思想并略加论断，收录范围广，著作选录多，史料考证精，在编辑思想与方法上有诸多创新，主要表现于以下几点：
一 编辑思想不拘于门户之见。务求“穷其本末”，网罗众家，持论公允，力求打破宗派门户之见
早在黄宗羲编纂《明儒学案》时便提出了“一本而万殊”的宗旨，全祖望秉承这一思想，认为学术当“去短集长”，以使“和同收益”，而绝不应“各持门户”。因此在补修《宋元学案》时便以“上下学案者，不可不穷其本末”为著述宗旨，以理学为主，兼及理学以外各学派，梁启超盛赞此书“不定一尊，各派各家乃至理学以外之学者，均平等看待”。
宋元学术，学派林立，不同学派的论争也相当激烈。当时学者大都“好附门墙……喜争同异，于宗派尤详。语录学案，动辄栽赃，不攗汗牛充栋”。即便《明儒学案》也并未完全打破门户之见。黄宗羲信奉阳明心学，痛感明末王学流于狂禅，意欲用此书来振衰起弊，重振王学。因此该书其实是为表彰王学，对明代王学建立谱系。“不仅是在总结明代理学的历史，更在于宣扬新王学，试图用修正的王学来再次充当学术思想的先锋。”相对于《明儒学案》，《宋元学案》更加客观公正：梁启超更一针见血地指出该书“梨洲门户之见颇深，谢山却一点也没有”。全祖望的态度，就是充分肯定百家争鸣，本着学术面前人人平等的原则，网罗诸家，毫无门户之见。
宋元学术，是儒学自隋唐式微以来的复兴和集大成时期，对后世影响最大的是南宋时被官方尊为正统的由周敦颐导源、二程草创、朱熹集大成的理学，但理学外还有众多学派：就北宋而言，除以张载、二程(程颢、程颐)为首的关洛理学派外，尚有以王安石为首的荆公新学，以司马光为首的涑水学，以苏洵、苏轼、苏辙为核心的蜀学。再就南宋而言，除继承二程之学的陆九渊的心学和朱熹的理学外，尚有以吕祖谦、薛季宣、陈傅良和叶适为代表的浙东事功学派。这些学派在当时影响巨大，尤其是陆九渊及浙东事功学派与朱熹的辩难，促成了宋元学术的两大高潮。
尽管全祖望非常服膺朱熹的学说，称其“致广大，尽精微，综罗百代矣”，但他却能对众家兼收并蓄，反对门户之见：“然善读朱子之书者，正当遍求诸家，以收去短集长之益。若墨守而摒弃一切焉，则非朱子之学也。”因此，对于朱门以外之学，他都给予了客观的叙述。
1 涑水学
司马光，原籍陕州夏县(今属山西)涑水乡，世称涑水先生。他开创的“涑水学”从宋代直到全祖望生活的清代中叶，学术地位一直不高，但《学案》仍专门将其立案，全祖望援引了程颐和朱熹的话对司马光的学术地位予以充分肯定：“小程子谓：‘阅人多矣!不杂者，司马、邵、张三人耳。’故朱子有‘六先生’之目。”
2 荆公新学、蜀学
王安石的新学和苏轼的蜀学与理学主流学术针锋相对，受到后者的猛烈攻击。全祖望贯彻一本万殊的编辑思想，仍将两派收入学案：“《三经新义》累数十年而始废，而蜀学亦遂为敌国。上下《学案》者，不可不穷其本末也。”但认为他们学说中掺杂了过多禅学思想，因此将其放入略中。《学案》不因学术观点不同而对两派大加诋毁，而是议论公允，对其优点亦不吝褒扬：“荆公解经，最有孔、郑诸公家法，言简意赅。”“老泉文初出，见者以为《荀子》……其体浑涵光芒，雄视百代，有文章以来，盖亦解矣。”甚至还为王安石辩护：“至若《春秋》之不立学官，则公(王安石)亦以其难解而置之，而并无断烂朝报之说……予观《宋志》，荆公尝作《左氏解》一卷，则非不欲立明矣。”
3 象山之学
陆九渊为首的江西学派称为心学，对朱熹“为学之方”和“无极太极之说”提出了异议，批评朱熹学说太过支离，后世盛行于明代的王阳明学说即导源于此。《宋元学案》充分肯定了陆学对程门理学思想的广泛“宗传”，对诋毁象山心学为理学异端的偏激观点给予了批驳：“象山之学，先立乎其大者，本乎孟子，足以砭末俗口耳支离之学。但象山天分高，出语惊人，或失于偏而不自知，是则其病也……或因其偏而更甚之，若世之耳食雷同，自以为能羽翼紫阳者，竟诋象山为异学，则吾未之敢信。”
对于朱陆之争，《学案》也以探讨学术真理为宗旨，持论公正，强烈批评后世陋儒之妄相诋毁：“二先生同植纲常，同扶名教，同宗孔、孟。即使意见终于不合，亦不过仁者见仁，知者见知，所谓‘学焉而得其性之所近’。原无有背于圣人，矧夫晚年又志同道合乎!奈何独不睹二先生之全书，从未究二先生之本末，糠秕眯目，强附高门，浅不自量，妄相诋毁!”
4 永康、永嘉之学
在南宋理学的展开和集成过程中，以陈亮为代表的永康学和叶适为代表的“永嘉学”通称浙东事功学派，它们均因“言事功”或主“功利之说”而成为非主流派，对朱熹学说的“道德性命之说”和“道统”观念提出了事功方面的异议和挑战，从而推动理学思潮达到前所未有的发展水平。
《宋元学案》对永嘉之学很重视，推崇它与朱陆二学鼎足而三：“干、淳诸老既殁，学术之会，总为朱、陆二派，而水心(叶适)断齿斤其间，遂称鼎足。”因此叙述尤详，分上下两个学案详加论述。
《宋元学案》对永嘉之学的学术渊源加以廓清，认为其学源于二程之学，“永嘉以经制言事功，皆推原以为得统于程氏”。虽然对永嘉之学之言事功不以为然，但仍然认为其学有可取之处：“永嘉之学统远矣……其学主礼乐制度，以求见之事功。然观艮斋以参前倚衡言持敬，则大本未尝不整然。”
二 编辑体例创新
《宋元学案》在编辑体例上的特色，主要在于对《明儒学案》开创的学案体的完善和发展，为中国古代史书体例增加了新的内容，这种首尾一贯、独成体系、追根溯源的“学案”体例，标志着学案体史书的臻于完善，代表了中国古代学术思想史编纂的最高水平。
1 卷首有全祖望《序录》一篇，论述各卷内容和主旨，具有发凡起例的总纲性质。
2 每一学案前先立“学案表”，表列师友弟子，以明其师承关系和承授情况。史家作表，起自司马迁《史记》，全祖望将此种体裁运用到学术史著述中，确实是一大创举。宋代学术讲师承、重渊源，针对师承学统头绪纷繁，关系复杂，学案表为读者了解学者的学术系统提供了很大方便，可谓“揽万里于尺寸之内，罗百世于方册之间”，如同《叙录》有统摄全书的作用，学案表也有提挈各卷之功能。“学案表”与《叙录》在书中前后呼应、相得益彰。
3 学案之内，附列案主的讲友、学侣、同调、家学、门人、私淑、续传、别传等人事迹及学术观点，更加明晰地体现出各学派之间的学术渊源关系及各自所处的地位，便于读者详其师承学统，明其主旨得失。
4 设置“附录”一项，载录案主的遗闻轶事，记述当时和后人的评论，为后人了解和判断案主的学术得失提供足资参考的材料。
5 运用互见法，重复者注明“别见某学案”，附于他学案者，注明“附见某学案”。这种严密的体例，也体现出我国历史编撰学高度发达和讲求体例的传统。在“学案表”中，已在书中立案者，则于表中注明“别见某学案”；有些附于其他学案，则注明“附见某学案”。便于读者更方便地掌握该学派的师承关系和学术宗旨。
这样，以案主的传、著述选辑为主体，又有序录、表、附录相配合，构成一个体例缜密、浑然天成的整体，开创了学术史上综合多种体例的方法，在今天仍有参考借鉴价值。
三 纂修眼光超前，编辑方法严谨：收录范围广，著作选录多。史料考证精，可谓无一字无出处
1 收录范围广，著作选录多
由于全祖望在年轻时就立志纠正《宋史》，“少读宋史，叹其自建炎南迁，荒谬满纸。欲得临川书以为蓝本，或更为拾遗补阙于其间，荏苒风尘，此志未遂”，因此在编纂学案的同时，便打算以此补《宋史》之不足，“微特《学案》所关，他日有重修《宋史》者，亦将有所采也夫”，故而所立小传，有详于宋史本传者，有为宋史所无者。反映了全祖望卓越的修史眼光。如他为晁景迁做的小传可补宋史之缺，为龙川学侣倪朴、岳麓学案吴尤等做的传，“摭拾于声尘消歇之余，登之学录”，也大大丰富了宋史的资料。全祖望自信：“予续修南雷《宋儒学案》，旁搜不遗余力，盖有六百年来所不及知，而予表而出之者。”
全祖望在纂修吕祖谦与范仲淹学案时，广泛搜集了众家文献，补充了关学的传承：游师雄、种师道从《宋史》中辑出，潘拯从《胡文定公语录》中辑出，李复从《楼宣献公集》中辑出，其他关学重要学者田腴、邵清、张舜民、薛昌朝的学术也在全祖望的广泛搜求辑佚下得以重见天日。《吕范诸儒学案序录》如此记载：
《伊洛渊源录》略于关学、三吕之与苏氏，以其曾及程门而进之，余皆亡矣。予自范侍郎育而外，于《宋史》得游师雄、种师道，于《胡文定公语录》得潘拯，于《楼宣献公集》得李复，于《童蒙训》得田腴，于《闽书》得邵清，及读《晁景迂集》，又得张舜民，又于《伊洛渊源录注》中得薛昌朝，稍为关学补亡。
2 治学严谨，对案主的学术思想论著，不仅采择广泛，且一一注明出处。如《师山学案》摘录郑玉语录，不仅注明了出处《师山文集》，在各语录条目下，又都细细注出子目达9条之多，足见作者治学之严谨。
四 编辑过程中不蹈袭前人，敢于打破成说，勇于创新，编辑者的学术独立性得以体现
蒋天枢在《全谢山先生年谱》中称赞其“不徒庚续黄氏之1日。阐幽发微，有为七百年来儒林所不及知者”，其创新性主要表现在如下两点：
1 不囿于成说。如他以胡瑗、孙复二人学案为开篇，当时流行以周敦颐为宋学开山，学术界对三先生在学术史上所起作用很少提及，全祖望不满于此种情况：“宋人溯导源之功，独不及四先生，似有阙焉……宋代学术之盛，安定、泰山为之先河，程、朱二先生皆以为然。”“宋兴八十年，安定胡先生、泰山孙先生、徂徕石先生始以师道明正学，继而濂洛兴矣。”重视三先生作为开风气之先的启蒙人物，这是符合宋代学术发展情况的。
虽然全祖望非常敬仰朱熹，学案中很多观点取自朱熹思想，但也能独立思考，不盲目尊崇。如朱熹认为二程之学源于周敦颐，他在《伊洛渊源录》里将周敦颐列为开卷之首。全祖望不赞成这种观点。程颢自己说：“吾学虽有所受，天理二字却是自家体贴出来。”他以吕希哲、汪应辰所论为据，提出相反的见解。“濂溪之门，二程子少尝游焉。其后伊洛所得，实不由于濂溪……晦翁、南轩始确然以为二程子所自出，自是后世宗之，而疑者亦踵相接焉。然虽疑之，而皆未尝考及二吕之言以为证，则终无据。予谓濂溪诚入圣人之室，而二程子未尝传其学，则必欲沟而合之，良无庸矣。”濂学对洛学的影响，很大程度上是间接的逻辑关系，而非直接的师门传承。
2 不以学术尊卑而臧否人物。
北宋初年，与胡媛，孙复同时，关中陈襄、郑穆、陈烈、周希孟四先生“安定、泰山并起之时，闽中四先生亦讲学海上，其所得虽未能底于粹深，然而略见大体矣，是固安定、泰山之流亚也。宋人溯导源之功，独不及四先生，似有阙焉。或曰：‘陈烈亦尝师安定。’未知所据”。
当然，《宋元学案》由于书成众手，在编辑上也有诸多不足。所采资料，不少地方繁简失当，尤其是失之过繁，如梁启超所说：“《涑水学案》之全采《潜虚》，《百源学案》之多录《皇极经世》……”某些地方也有史料错误之处。但瑕不掩瑜，《宋元学案》“一本万殊”的编辑思想和严谨求实的编辑方法，代表了传统学术史研究的最高成就，对今天的编辑工作仍有很大的借鉴意义。
学案体雏形肇始于朱熹著《伊洛渊源录》，定型于黄宗羲著《明儒学案》，而最终完善和成熟则是《宋元学案》。《宋元学案》是一部记述宋元两代学术思想发展概况的著作，由黄宗羲发凡起例，主要由全祖望撰定，全书100卷。是我国封建社会中卷目最大、体例最完备的一部学术思想史著作。书中全面而详细地记述了当时的学派源流，介绍了各派的学说思想并略加论断，收录范围广，著作选录多，史料考证精，在编辑思想与方法上有诸多创新，主要表现于以下几点：
一 编辑思想不拘于门户之见。务求“穷其本末”，网罗众家，持论公允，力求打破宗派门户之见
早在黄宗羲编纂《明儒学案》时便提出了“一本而万殊”的宗旨，全祖望秉承这一思想，认为学术当“去短集长”，以使“和同收益”，而绝不应“各持门户”。因此在补修《宋元学案》时便以“上下学案者，不可不穷其本末”为著述宗旨，以理学为主，兼及理学以外各学派，梁启超盛赞此书“不定一尊，各派各家乃至理学以外之学者，均平等看待”。
宋元学术，学派林立，不同学派的论争也相当激烈。当时学者大都“好附门墙……喜争同异，于宗派尤详。语录学案，动辄栽赃，不攗汗牛充栋”。即便《明儒学案》也并未完全打破门户之见。黄宗羲信奉阳明心学，痛感明末王学流于狂禅，意欲用此书来振衰起弊，重振王学。因此该书其实是为表彰王学，对明代王学建立谱系。“不仅是在总结明代理学的历史，更在于宣扬新王学，试图用修正的王学来再次充当学术思想的先锋。”相对于《明儒学案》，《宋元学案》更加客观公正：梁启超更一针见血地指出该书“梨洲门户之见颇深，谢山却一点也没有”。全祖望的态度，就是充分肯定百家争鸣，本着学术面前人人平等的原则，网罗诸家，毫无门户之见。
宋元学术，是儒学自隋唐式微以来的复兴和集大成时期，对后世影响最大的是南宋时被官方尊为正统的由周敦颐导源、二程草创、朱熹集大成的理学，但理学外还有众多学派：就北宋而言，除以张载、二程(程颢、程颐)为首的关洛理学派外，尚有以王安石为首的荆公新学，以司马光为首的涑水学，以苏洵、苏轼、苏辙为核心的蜀学。再就南宋而言，除继承二程之学的陆九渊的心学和朱熹的理学外，尚有以吕祖谦、薛季宣、陈傅良和叶适为代表的浙东事功学派。这些学派在当时影响巨大，尤其是陆九渊及浙东事功学派与朱熹的辩难，促成了宋元学术的两大高潮。
尽管全祖望非常服膺朱熹的学说，称其“致广大，尽精微，综罗百代矣”，但他却能对众家兼收并蓄，反对门户之见：“然善读朱子之书者，正当遍求诸家，以收去短集长之益。若墨守而摒弃一切焉，则非朱子之学也。”因此，对于朱门以外之学，他都给予了客观的叙述。
1 涑水学
司马光，原籍陕州夏县(今属山西)涑水乡，世称涑水先生。他开创的“涑水学”从宋代直到全祖望生活的清代中叶，学术地位一直不高，但《学案》仍专门将其立案，全祖望援引了程颐和朱熹的话对司马光的学术地位予以充分肯定：“小程子谓：‘阅人多矣!不杂者，司马、邵、张三人耳。’故朱子有‘六先生’之目。”
2 荆公新学、蜀学
王安石的新学和苏轼的蜀学与理学主流学术针锋相对，受到后者的猛烈攻击。全祖望贯彻一本万殊的编辑思想，仍将两派收入学案：“《三经新义》累数十年而始废，而蜀学亦遂为敌国。上下《学案》者，不可不穷其本末也。”但认为他们学说中掺杂了过多禅学思想，因此将其放入略中。《学案》不因学术观点不同而对两派大加诋毁，而是议论公允，对其优点亦不吝褒扬：“荆公解经，最有孔、郑诸公家法，言简意赅。”“老泉文初出，见者以为《荀子》……其体浑涵光芒，雄视百代，有文章以来，盖亦解矣。”甚至还为王安石辩护：“至若《春秋》之不立学官，则公(王安石)亦以其难解而置之，而并无断烂朝报之说……予观《宋志》，荆公尝作《左氏解》一卷，则非不欲立明矣。”
3 象山之学
陆九渊为首的江西学派称为心学，对朱熹“为学之方”和“无极太极之说”提出了异议，批评朱熹学说太过支离，后世盛行于明代的王阳明学说即导源于此。《宋元学案》充分肯定了陆学对程门理学思想的广泛“宗传”，对诋毁象山心学为理学异端的偏激观点给予了批驳：“象山之学，先立乎其大者，本乎孟子，足以砭末俗口耳支离之学。但象山天分高，出语惊人，或失于偏而不自知，是则其病也……或因其偏而更甚之，若世之耳食雷同，自以为能羽翼紫阳者，竟诋象山为异学，则吾未之敢信。”
对于朱陆之争，《学案》也以探讨学术真理为宗旨，持论公正，强烈批评后世陋儒之妄相诋毁：“二先生同植纲常，同扶名教，同宗孔、孟。即使意见终于不合，亦不过仁者见仁，知者见知，所谓‘学焉而得其性之所近’。原无有背于圣人，矧夫晚年又志同道合乎!奈何独不睹二先生之全书，从未究二先生之本末，糠秕眯目，强附高门，浅不自量，妄相诋毁!”
4 永康、永嘉之学
在南宋理学的展开和集成过程中，以陈亮为代表的永康学和叶适为代表的“永嘉学”通称浙东事功学派，它们均因“言事功”或主“功利之说”而成为非主流派，对朱熹学说的“道德性命之说”和“道统”观念提出了事功方面的异议和挑战，从而推动理学思潮达到前所未有的发展水平。
《宋元学案》对永嘉之学很重视，推崇它与朱陆二学鼎足而三：“干、淳诸老既殁，学术之会，总为朱、陆二派，而水心(叶适)断齿斤其间，遂称鼎足。”因此叙述尤详，分上下两个学案详加论述。
《宋元学案》对永嘉之学的学术渊源加以廓清，认为其学源于二程之学，“永嘉以经制言事功，皆推原以为得统于程氏”。虽然对永嘉之学之言事功不以为然，但仍然认为其学有可取之处：“永嘉之学统远矣……其学主礼乐制度，以求见之事功。然观艮斋以参前倚衡言持敬，则大本未尝不整然。”
二 编辑体例创新
《宋元学案》在编辑体例上的特色，主要在于对《明儒学案》开创的学案体的完善和发展，为中国古代史书体例增加了新的内容，这种首尾一贯、独成体系、追根溯源的“学案”体例，标志着学案体史书的臻于完善，代表了中国古代学术思想史编纂的最高水平。
1 卷首有全祖望《序录》一篇，论述各卷内容和主旨，具有发凡起例的总纲性质。
2 每一学案前先立“学案表”，表列师友弟子，以明其师承关系和承授情况。史家作表，起自司马迁《史记》，全祖望将此种体裁运用到学术史著述中，确实是一大创举。宋代学术讲师承、重渊源，针对师承学统头绪纷繁，关系复杂，学案表为读者了解学者的学术系统提供了很大方便，可谓“揽万里于尺寸之内，罗百世于方册之间”，如同《叙录》有统摄全书的作用，学案表也有提挈各卷之功能。“学案表”与《叙录》在书中前后呼应、相得益彰。
3 学案之内，附列案主的讲友、学侣、同调、家学、门人、私淑、续传、别传等人事迹及学术观点，更加明晰地体现出各学派之间的学术渊源关系及各自所处的地位，便于读者详其师承学统，明其主旨得失。
4 设置“附录”一项，载录案主的遗闻轶事，记述当时和后人的评论，为后人了解和判断案主的学术得失提供足资参考的材料。
5 运用互见法，重复者注明“别见某学案”，附于他学案者，注明“附见某学案”。这种严密的体例，也体现出我国历史编撰学高度发达和讲求体例的传统。在“学案表”中，已在书中立案者，则于表中注明“别见某学案”；有些附于其他学案，则注明“附见某学案”。便于读者更方便地掌握该学派的师承关系和学术宗旨。
这样，以案主的传、著述选辑为主体，又有序录、表、附录相配合，构成一个体例缜密、浑然天成的整体，开创了学术史上综合多种体例的方法，在今天仍有参考借鉴价值。
三 纂修眼光超前，编辑方法严谨：收录范围广，著作选录多。史料考证精，可谓无一字无出处
1 收录范围广，著作选录多
由于全祖望在年轻时就立志纠正《宋史》，“少读宋史，叹其自建炎南迁，荒谬满纸。欲得临川书以为蓝本，或更为拾遗补阙于其间，荏苒风尘，此志未遂”，因此在编纂学案的同时，便打算以此补《宋史》之不足，“微特《学案》所关，他日有重修《宋史》者，亦将有所采也夫”，故而所立小传，有详于宋史本传者，有为宋史所无者。反映了全祖望卓越的修史眼光。如他为晁景迁做的小传可补宋史之缺，为龙川学侣倪朴、岳麓学案吴尤等做的传，“摭拾于声尘消歇之余，登之学录”，也大大丰富了宋史的资料。全祖望自信：“予续修南雷《宋儒学案》，旁搜不遗余力，盖有六百年来所不及知，而予表而出之者。”
全祖望在纂修吕祖谦与范仲淹学案时，广泛搜集了众家文献，补充了关学的传承：游师雄、种师道从《宋史》中辑出，潘拯从《胡文定公语录》中辑出，李复从《楼宣献公集》中辑出，其他关学重要学者田腴、邵清、张舜民、薛昌朝的学术也在全祖望的广泛搜求辑佚下得以重见天日。《吕范诸儒学案序录》如此记载：
《伊洛渊源录》略于关学、三吕之与苏氏，以其曾及程门而进之，余皆亡矣。予自范侍郎育而外，于《宋史》得游师雄、种师道，于《胡文定公语录》得潘拯，于《楼宣献公集》得李复，于《童蒙训》得田腴，于《闽书》得邵清，及读《晁景迂集》，又得张舜民，又于《伊洛渊源录注》中得薛昌朝，稍为关学补亡。
2 治学严谨，对案主的学术思想论著，不仅采择广泛，且一一注明出处。如《师山学案》摘录郑玉语录，不仅注明了出处《师山文集》，在各语录条目下，又都细细注出子目达9条之多，足见作者治学之严谨。
四 编辑过程中不蹈袭前人，敢于打破成说，勇于创新，编辑者的学术独立性得以体现
蒋天枢在《全谢山先生年谱》中称赞其“不徒庚续黄氏之1日。阐幽发微，有为七百年来儒林所不及知者”，其创新性主要表现在如下两点：
1 不囿于成说。如他以胡瑗、孙复二人学案为开篇，当时流行以周敦颐为宋学开山，学术界对三先生在学术史上所起作用很少提及，全祖望不满于此种情况：“宋人溯导源之功，独不及四先生，似有阙焉……宋代学术之盛，安定、泰山为之先河，程、朱二先生皆以为然。”“宋兴八十年，安定胡先生、泰山孙先生、徂徕石先生始以师道明正学，继而濂洛兴矣。”重视三先生作为开风气之先的启蒙人物，这是符合宋代学术发展情况的。
虽然全祖望非常敬仰朱熹，学案中很多观点取自朱熹思想，但也能独立思考，不盲目尊崇。如朱熹认为二程之学源于周敦颐，他在《伊洛渊源录》里将周敦颐列为开卷之首。全祖望不赞成这种观点。程颢自己说：“吾学虽有所受，天理二字却是自家体贴出来。”他以吕希哲、汪应辰所论为据，提出相反的见解。“濂溪之门，二程子少尝游焉。其后伊洛所得，实不由于濂溪……晦翁、南轩始确然以为二程子所自出，自是后世宗之，而疑者亦踵相接焉。然虽疑之，而皆未尝考及二吕之言以为证，则终无据。予谓濂溪诚入圣人之室，而二程子未尝传其学，则必欲沟而合之，良无庸矣。”濂学对洛学的影响，很大程度上是间接的逻辑关系，而非直接的师门传承。
2 不以学术尊卑而臧否人物。
北宋初年，与胡媛，孙复同时，关中陈襄、郑穆、陈烈、周希孟四先生“安定、泰山并起之时，闽中四先生亦讲学海上，其所得虽未能底于粹深，然而略见大体矣，是固安定、泰山之流亚也。宋人溯导源之功，独不及四先生，似有阙焉。或曰：‘陈烈亦尝师安定。’未知所据”。
当然，《宋元学案》由于书成众手，在编辑上也有诸多不足。所采资料，不少地方繁简失当，尤其是失之过繁，如梁启超所说：“《涑水学案》之全采《潜虚》，《百源学案》之多录《皇极经世》……”某些地方也有史料错误之处。但瑕不掩瑜，《宋元学案》“一本万殊”的编辑思想和严谨求实的编辑方法，代表了传统学术史研究的最高成就，对今天的编辑工作仍有很大的借鉴意义。