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黄兔尾鼠较广泛分布于内蒙古北部荒漠草原，主要栖息于河谷低地、湖盆低地及台地间的凹地内，常与长爪沙鼠和子午沙鼠混合分布，栖居关系密切，共同寄生着主要蚤类。在鼠疫动物病频发的河谷低地生境内，黄兔尾鼠积极参加长爪沙鼠鼠疫流行；实验室研究证明，它对鼠疫菌具有感受性，其敏感性个体差异较大。种群的抗性较高和菌血症时间较长。在黄兔尾鼠集中分布地区，他对鼠疫的传播和保存起着重要作用，是多宿主疫源地成员之一。