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阿莱依盆地是特提斯北缘盆地群中的一个,晚三叠世-古近纪与相邻的塔吉克盆地、塔里木盆地西南坳陷基本连通,中新世以后才成为分隔的周缘前陆盆地.该盆地现今面积约5500km2,推测沉积岩最厚达8km,地层北薄南厚,推测南侧出露的地层为外来的推覆体,北侧出露的是原地体,其形成与帕米尔北地块由南向北俯冲有关.根据与相邻盆地的类比,结合该区十分有限的资料推测,阿莱依盆地可能存在2套成熟烃源岩(古近系暗色泥岩,白垩系灰岩、泥灰岩和泥岩),可能发育的含煤侏罗系也是可能烃源岩;至少存在2套成藏组合(白垩系和古近系),新近系