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浮游植物常用于水生态健康评价，国内已有大量相关的研究开展，但多数研究涉及范围较为局限。从流域尺度开展浮游植物调查，在长江源区至入海口的干流重点区域、八大一级支流和三峡支流共布设了139个样点进行样品采集。在长江流域一共鉴定出浮游植物7门82属，其中隐藻门、蓝藻门和硅藻门为优势类群。首先对长江流域各区域的浮游植物群落组成进行分析，使用LEfSe分析各区域显著富集的物种，然后基于CCA探究了长江流域各区域浮游植物群落和环境因子之间的关系。在流域尺度上，广义线性模型显示TN和TP与浮游植物密度显著正相关，TITAN分析则揭示了环境指示种和它们对应的最适生长阈值范围。最后，分别从水生生物和水质两个方面对长江流域各区域进行评价，尽管两个方面的评价结果不一致，但基于随机森林算法综合所有指标进行评价，能够得到长江流域全面且客观的生态评价结果。