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元江自然保护区境内土壤垂直分布明显，主要有黄棕壤、红壤、赤红壤、燥红土和石灰土5个土类。元江自然保护区土壤质地较轻，酸性反应。土壤全量养分以黄棕壤为最高，燥红土最低，其余土类介于二者之间。土壤的速效养分，以水解性N、速效K量较高，而土壤速效P普遍偏低。本区属干热河谷区，生境脆弱，应加强保护区的科学管理，开发利用应十分谨慎。