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已在绿藻、红藻与硅藻等真核藻中发现有质粒状DNA,其结构一般是环状或线状的双链DNA小分子.红藻与硅藻的质粒状DNA中有可读框架(0RF),某些0RF有转录活性或与已知基因有明显的同源性,表明藻类质粒状DNA是一种功能活跃的新型基因组.研究还发现质粒状DNA是有用的分子分类标记,同时也是藻类基因工程潜在的载体.藻类质粒状DNA的研究具有重要的理论与实用价值.