第二次鸦片战争中国战败后，清政府被迫于1858年先后与俄、美、英、法签订《天津条约》，条文明述台湾开放通商口岸。1862年，台湾沪尾海关成立。1865年1月1日，台南安平开港，正式名称为“台湾关”。同年，洋商纷纷在台湾设立洋行。所谓洋行，就是外商建立的商业办事处，此时也正是大量西式建筑出现于中国之际。当时台湾有五大洋行，分别是英国德记洋行、怡记洋行、和记洋行、德国东兴洋行及美国唻记洋行。现存规模最大的为英国德记洋行，其仓库后方临盐水溪畔，即是为昔日的古码头。
　　安平树屋原为英国德记洋行的仓库，砌墙古红砖推取自热兰遮城（即安平古堡，建于1624年，是台湾最古老的城堡，曾是荷兰人统治台湾的中枢，也曾是郑成功的居城）。从红砖、门楣花岗石、窗框基石和木屋架构判定，仓库最早应建于19世纪末及日占初期，之后作为“大日本盐业株式会社”办事处仓库，现在的规模即为日本人扩建的。台湾光复后，这里归属台湾质监总厂，后来总厂迁址，仓库便任其荒废。据台湾盐业公司退休场长张坤煌口述，1935年他在此上班时，自安顺盐田运来的盐包都堆置于此，当时仓库己有榕树盘根，可见树龄已近百年。
　　现在仓库内外多株百年老榕树盘根错节，气根在屋顶及墙壁攀附生长，形成了“树以墙为干、屋以叶为瓦”的天然艺术品。茂盛的榕树与建筑物“纠缠不清”，让本来平淡无奇的仓库成为一个有趣的探险空间，宛如台湾版的“吴哥窟塔普伦寺”。后来仓库老屋荒废多年，没有人敢接近的原因：榕树被当地人视为阴性，部分人还习惯参加丧事或是到命案现场前，身上都会携带两三片榕树的叶子，以趋不洁之物。在这些习俗与观念的作用下，许多人对旧残酷避之不及，所以旧仓库榕树区便成为一个禁地，也因此完整保留下最自然的状态，毫无人为的干扰与破坏。
　　吊诡的是：先有了房子，树依附其上，房子的结构被破坏了，树根反而成为房子支撑的结构。接下来新增的构造物，如何一同参与这样子的有机型态？现代建筑师对安平树屋的设计手法，是将树屋视作一开放地景艺术：不特意翻修屋顶，但利用掀开已毁坏的屋顶，规划成树屋内部开放与半开放空间交错特殊韵律，让雨水自然落入屋内，地面作排水处理，绿地上有木栈道、榕树间架设钢构空桥，参观路线环绕整个树屋，从空桥上方可以俯视榕树枝头，树干与枝叶尽收眼底，让人的行为与天然景色可以和谐共存，相互辉映。
　　台南安平树屋因时空变迁而闲置破败，如今却意外地形成了一个自然生态与人文融合的历史痕迹。现在的安平树屋犹如蒙尘的明珠，经仔细擦拭后，再次绽放出闪亮的光芒。