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在全基因组关联研究中，尤其是包含罕见变异时，识别基因-基因或基因-环境的交互作用对于统计遗传来说是一个巨大的挑战。提出一个基于基因的两阶段的方法去识别基因-基因和基因-环境的交互作用，这其中亦可包括罕见的变异。第一阶段中，在每一基因型下检验每一个变异的等方差性，这相当于检验一个变异与其他变异或此变异与环境因素之间的交互作用。然后，根据P-值对变异进行排序。在第二阶段中，以一个线性模型为基础，对排序较高的变异进行交互作用的检验。当包含罕见变异时，将把在同-基因内罕见变异合并，形成一个组合的罕见变异（CRV）