【摘 要】
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目的 CRISPR-Cas系统是细菌中的适应性免疫防御系统,能特异性阻止噬菌体、质粒等外源基因的侵袭从而维护自身基因组的完整性.本研究在基因组水平对沙雷菌属CRISPR-Cas系统的
【机 构】
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青岛大学医学部,山东青岛,266071;青岛市立医院;中国人民解放军971医院;青岛大学附属医院
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目的 CRISPR-Cas系统是细菌中的适应性免疫防御系统,能特异性阻止噬菌体、质粒等外源基因的侵袭从而维护自身基因组的完整性.本研究在基因组水平对沙雷菌属CRISPR-Cas系统的整体结构及主要特征进行分析. 方法 利用CRISPRfinder、BLAST在线工具及DNAstar、MEGA等软件分析CRISPR-Cas系统的分布、重复序列、间隔序列及cas1基因的特点,同时对基因组中的前噬菌体进行筛查并分析其与CRISPR-Cas系统的关系. 结果 88株沙雷菌有19株(21.59％)含有确定CRISPR阵列,其中9株(10.22％)同时含有cas基因簇;CRISPR-Cas系统型别主要为Ⅰ-F和Ⅰ-E,cas1基因序列的发育分类与系统分型一致.12.3％的间隔序列可与某些噬菌体或质粒高度同源;含cas基因簇的沙雷菌中前噬菌体数量少于其他组(P＜0.01). 结论 沙雷菌中CRISPR Cas系统的携带率较其他细菌低且结构不完整,超过半数以孤儿CRISPR阵列形式存在.沙雷菌CRISPR-Cas系统对噬菌体有较强的防御能力,且该功能有赖于CRISPR-Cas系统结构的完整.
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