加快建设绿色认证机制是助推中国制造业绿色转型的重要战略举措。针对当前很多地方政府采用补贴激励企业申请绿色认证的现象，本文首次从演化的视角，考察了政府补贴的不同模式对绿色认证机制有效性的动态影响。研究发现，政府只有对通过认证的企业给予长期并且较高额度的补贴才有可能提高绿色认证机制对产业绿色转型的促进作用，现实中较为普遍的低强度补贴反而会加大绿色认证被市场淘汰的风险，恶化行业环境绩效。与补贴相比，加强认证机构监管和降低认证费用是提高绿色认证机制有效性的更好政策，加大对企业“漂绿”行为的披露力度则会产生相反效果。基于上述发现，本文从缩小补贴的行业范围、建立多元化的认证机构监管机制、促进认证行业兼并重组和技术创新以及避免环境信息披露陷入“坏消息”定式等方面提出了相应的政策建议。