【内容摘要】：纯合隐性基因ae对提高玉米籽粒中直链淀粉含量具有重要作用。本研究根据已知的玉米ae基因序列，利用Oligo6.0软件设计了23对特异性引物，对选育高直链淀粉玉米群体的亲本进行特异性PCR，对扩增产物进行测序，结果发现：在ae基因的9067bp序列中发现了48个单核苷酸多态性位点（SNPs）和31个插入/缺失（InDels）位点，单核苷酸多态性频率是1个SNP/188bp和1个InDel/292bp。
　　【关键词】：玉米 ae基因 单核苷酸多态性（SNP）
　　淀粉占玉米籽粒总重的70%左右，是玉米籽粒中的主要积累物质 。一般淀粉可分为2种：直链淀粉和支链淀粉。目前，基于SNP的分子标记已经在人类基因单体型图的绘制、疾病易感基因的相关性分析、药物设计等领域进行开发，并且在玉米、水稻、马铃薯等作物育种中得到应用 。本研究试图通过对所构建的选育高直链淀粉玉米群体双亲的ae基因部分片段克隆并测序，寻找存在于ae基因中的SNP位点，为高直链淀粉玉米育种工作提供数据支持。
　　一、试验材料与方法
　　（一）材料
　　供试材料分为普通玉米自交系、高直链淀粉玉米自交系以及其杂交种。
　　（二）DNA测序与对比分析
　　采用北京天为时代的胶回收试剂盒回收PCR产物。测序由上海生工生物工程技术服务有限公司进行。利用DNAMAN软件中的Multiple Alignment程序进行序列对比。
　　二、结果与分析
　　（一）DNA的提取
　　将DNA用1%的琼脂糖凝胶电泳检测，结果如下（图1），可以看出，所提取的DNA条带清晰，完全适合PCR反应的要求。
　　（二）核酸序列分析
　　将扩增产物回收、测序。测序结果用 DNAMAN 软件分析。但由于采取的是PCR产物直接测序，结果如下：
　　在ae基因的9067bp序列中发现了48个碱基替换和31个InDel，其中转换29个，G-A之间的转换较多占59%，颠换19个，并且都属于2等位多态性，单核苷酸多态性频率是1SNP/188bp和1InDel/292bp。其中分布在CDS中的SNP为6个，占所发现SNP位点数的12.5%，分布在CDS中的InDel为1个占3.3%。
　　三、小结
　　纯合隐性基因ae 可以大幅度地提高直链淀粉的含量，ae 基因共有23449bp，本试验只研究了其中9067bp。根据已知的玉米ae 基因序列，共设计了23对特异引物，其中引物22未扩增出条带，可能是引物设计位点发生了变异或者缺失。为排除误差本试验对出现多态性的位点进行多次重复。
　　【参考文献】
　　[1] 尤新.玉米深加工技术[M].北京：中国轻工业出版社，2000：221-225.
　　[2] 史振声，王志斌，李凤海，等.国内外高直链淀粉玉米的研究与利用[J].辽宁农业科学，2002，（1）：30-33.