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创设“清华学堂”
1900年，德、英、法、美、俄、日、意、奥等国组成“八国联军”，对中国发动侵略战争，镇压了义和团运动。1901年9月7日，清政府被迫与1l国代表签定了《辛丑条约》。《辛丑条约》第六款议定，清政府赔偿俄、德、法、英、美、日、意、奥8国及比、荷、西、葡、瑞典和挪威6个“受害国”的军费、损失费4.5亿两白银，赔款的期限为1902年至1940年，年息4厘，本息合计为9.8亿两，是为“庚子赔款”。其中，美国作为“八国联军”参战国之一，分得3000多万两(合2400多万美元)。
1904年12月上旬，中国驻美公使梁诚就中国的赔款是用黄金还是用白银一事，与美国国务卿海约翰交涉。谈话间海约翰透露出一句：“庚子赔案实属过多……”这一信息立刻被梁诚捕捉，他非常机敏地改变了谈判战略，不再去和海约翰纠缠赔款是用金还是用银，而是“乘其一隙之明，藉归已失之利”。于是他不放过任何机会，在美国国会及议员中四处游说退还不实赔款。经过几年艰苦努力，最终促使美国议会在1908年通过退款决议。
1909年1月1日起，美国开始“退还”其所多得的“庚子赔款”，并指定这笔钱用于选派学生赴美留学。7月10日，清政府外务部、学部奏请“在京师设立优美学务处，由外务部、学部派员管理，综司考选学生、遣送出洋、调查稽核一切适宜。并附设肄业馆一所，选取学生入馆试验，择其学行优美、资性纯笃者，随时送往美国肄业，以十分之八习农工商矿等科；以十分之二习法政理财师范诸学。”
同日，清政府颁布《遣派游美学生办法大纲》，确定了具体的招生办法。两部还提出全国各省名额分配办法：
至于学生名额，自应按照各省赔款数目分匀摊给，以示平允。其满洲、蒙古、汉军旗籍以及东三省内外蒙古、西藏亦应酌给名额，以昭公溥。
对外务部与学部设立游美肄业馆的奏请，军机大臣那桐等表示赞同，并派员各处觅地，最后确定为毗邻圆明园的清华园。清华园前身为熙春园，长期为皇子分封园林，当时面积约530亩。
外务部选中清华园，主要有两个因素：第一，清华园一带“卉木萧疏，泉流映带，清爽高旷，于卫生最为合宜”；第二，清华园距离京张铁路仅半里，交通便利，以后修筑图书馆、宿舍等教学和生活设施，“藏修游息各得其宜”。
1909年8月，游美学务处在630名考生中仅录取了47人作为第一批学生直接留美。这批学生中有后来成为清华校长的梅贻琦、金邦正，有著名的化学家张子高、著名生物学家秉志等。10月，这批学生由唐国安率领赴美留学，他们是清华历史上第一批留美生。
1910年和1911年游美学务处又分别招考了70人、63人为第二、三批直接留美生，其中第二批有赵元任、竺可桢、胡明复、胡适等人，第三批有姜立夫、陆懋德、杨光弼等人。胡明复、姜立夫分别于1917年、1918年获得哈佛大学博士学位，是中国现代数学最早的两位博士。
从1909年至1911年，三批直接留美生共计180人，这些留美生因是经过“品学甄别考试”后送去留美的，故又被称为“甄别生”。
胡适回忆1910年考选的情形：考试分两场，头场考国文和英文，国文试题是“不以规矩不能成方圆说”。胡适做了考据的文章，开头就说：“矩之作也，不可考矣。规之作也，其在周之末世乎?”显而易见，胡适的写法与出题者意愿大相违背，不料正好碰着看卷子的先生有考据癖，对胡适的文章特别赏识，批了100分。他英文考了60分，头场考试胡适平均得80分。可是第二场各门考试，胡适考得并不好，最后总平均仅得59分。幸亏这次考选出洋的有70个名额，胡适总算侥幸，考取了第55名。
1910年复试第一、二名为杨锡仁与赵元任，胡适对他们赞誉有加，常说他那一班最聪明的两位是考第一的杨锡仁和第二的赵元任，均为考第55名的自己所望尘莫及。
游美肄业馆的馆址确定为清华园后，外务部与学部即着手修理及建筑，原计划1910年秋可以完工，不料工人罢工数月，耽误时期。1911年2月，游美学务处和肄业馆迁入清华园，正式将肄业馆改名为清华学堂。
清华学堂设正副监督(相当于正副校长)3人，由游美学务处的总办周自齐和会办范源廉、唐国安分别兼任。
3月，清华学堂的学生在北京宣武门内学部举行了入学复试。共有468名学生参加复试，其中有由各省经初试录取后保送的184名、在京招考的学生141名和上一年备取的留美生143名。这批学生全部合格入学，其中五分之三被编入中等科，其余入高等科学习，成为清华最早的一批学生。他们当中有许多后来成为著名的学者，如侯德榜、金岳霖、戴芳澜、陈鹤琴、吴宓等。3月30日，清华学堂在清华园暂行开学。
金岳霖1911年考入清华，他是经过两次初试才参加复试，并直接考取了高等科。金岳霖后来回忆：“重要的是头一场考试，国文、算学、英文。英文我觉得不怕，算学靠运气，怕的是国文。我在湖南考过留美预备的中等科，国文题目是《‘士先器识而后文艺’论》，我不知道这是唐朝裴行俭的话，落选了。北京考场的国文题目是《人有不为而后可以有为义》，这就好办了……”
清华学堂旨在选送合格的留美人才，教学内容等也与留美密切相关。但清政府也很注意选择不同教育背景的人来管理学堂。1911年入学的胡光麃曾评论：“总办周先生是同文馆最早的学生，又有满清举人的身份(副榜，即举人备取)，换言之，他是科举出身。他没有正式留过学，英文是在中国学的，但做过驻美代办，旧金山、纽约总领事和古巴代办，资格极老。会办范源廉先生是留日的，在日本还办过法政速成班。唐国安先生则是个幼年生，曾与詹天佑、唐绍仪等同派出洋，是留美的。从这里我们可以看得出来，当时在人选上是很有配合的，教育背景上也不偏颇留美派或哪一派。”
进入民国后，范源廉任教育总长，周自齐任山东省长，唐国安因病早逝，他们均极为精明强干。
学制方面，1911年2月颁布的《清华学堂章程》规定，高等科与中等科各4年。“高等科注重专门教育，以美国大学及专门学堂为标准，其学程以四学年计，中等科为高等科之预备，其学程以四学年计。”不到半年，在教务长张伯苓推动下，游美学务处向外务部转清华学堂改变学制申请：“本学堂开办已历数月，征诸实验，觉向定章程与现在情形尚有未尽适宜之处，不能不酌量变通，以期完善。”这样，“四四”学制改为“三五”学制，“高等科三年毕业，中等科五年毕 业”。
清华学堂虽然在教学上“所有办法均照美国学堂”，但在行政管理上还摆脱不了封建王朝的气息。清华校名全称是“帝国清华学堂”，英文名Tsing Hua Imperial College。入学考试时，学堂监督周自齐穿着清朝官服高坐堂上，旁边考试官按省籍唱名：“浙江听点”、“江苏听点”……周自齐就用朱笔点名，有浓厚的科举考场习气。开学之日，周自齐、范源廉率众学生在礼堂向“皇帝万岁万万岁”牌行三跪九叩礼。有的学生为逃避此仪式，前一日已预先告假，或诈称腹痛，或假言发热等等，不一而足。
稚气未脱的年轻学子来到风景优美的王府花园读书，新鲜、自豪之情充盈于怀。毕业多年以后，陈鹤琴仍感情激昂地说：“我的清华时代，好像万象更新的新年，好像朝气蓬勃的春天。我的希望，非常远大；我的前途，非常光明；我的精神，非常饱满；我的勇气，非常旺盛；我的自信，非常坚强；我的自期，非常宏远。那时做人真觉得有无穷愉快。”
教务长胡敦复去职风波
清华学堂开学不久，即爆出教务长胡敦复辞职风波。
胡敦复是我国近代数学奠基人之一和数学界杰出的领导人。1909年，胡敦复在康奈尔大学获理学学士后，游美学务处总办周自齐请他回国负责游美学务处考选、遣送直接留美学生的工作。胡敦复为了能够选拔更多的有志青年出国学习西方科学知识，回来建设祖国，毅然放弃了在国外进一步深造的机会，应聘回到北京，参与了三批直接留美生的考选工作。清华学堂成立后，胡敦复任第一任教务长。
关于胡敦复去职，学堂监督周自齐曾解释：“胡先生为人才学极富，且就任以来办事亦极有条理，但诸种举动皆嫌过于专制，自拿主意，不与众商量，所以同那些美国教员很不和睦，而且性气高傲，连我们总办、监督全莫有放在眼中，众职员亦不喜他，而且学生中又有许多谣言。”周氏一席话，暂且不论对胡敦复办事能力的肯定与对其不免专制有所批评，后面“同那些美国教员很不和睦”一句，与《吴宓日记》等相印证，却是真正道出了胡敦复去职的原因。
据李济回忆，清华学堂当时“所有的课程，那时候最早都是由教务长胡敦复先生安排的”。我们看《吴宓日记》，可以了解当时课程设置的特点。胡敦复将全校课程依照难度分类，例如：英语有订立英文一、英文二，数学有数学一(笔算)、数学二(初等代数)、数学三(平面几何)、数学四(立体几何)、数学五(平面三角)、数学六(高等代数)、数学七(解析几何)、数学八(球面三角)等，由浅入深，由易及难。颁布全校课程表，每门课程标明授课老师、上课地点与时间以及参考书目等。学生经过老师口试而不用分班考试，被制定修习不同难度课程。这是一种效率较高、能兼顾不同层次学生需求的办法，类似现在通行的大学选课之法。但这种课程设置，遭到了在校内占有势地位的美籍教师的反对。
此外，胡敦复重视理工科，也与美籍教师重视英文、欧美史地等课程存在分歧。美籍教师主张“学生先把英文学好，还要着重学美国历史、地理，自然科学课程可到美国去学，在校内只学点最浅的”。
当时学堂的美籍教师，由外务部转托美国男女基督教青年会直接从美国聘来，多数是美国普通中学(High School)教员，难以适应胡敦复这种类似大学教育的制度。此外，胡敦复聘请的多位中国教师，不少人是其南洋公学同学，擅长数学、理化等科学，学生甚为钦服。而部分美国教师，薪俸远比中国教师高，但只能授低浅之课程，为学生所轻视，遂对胡敦复渐生不满。
1911年6月初，美籍教师向中国外务部提出：“胡敦复教务长不能与美国教师合作，应即撤换。”外务部以清华为美国退还之“庚子赔款”所办(开办经费，银100万两；常年经费，银60万两)，敢不听从，立饬令胡敦复“自请辞去清华教务长职”，而改聘天津私立南开中学校长张寿春(伯苓)为清华教务长。于是，吴宓眼中“俊秀而和厚，极为学生所爱戴”的胡敦复教务长，被迫辞职，由张伯苓接替。
1911年5月15日晚，清华学堂监督范源廉发出告示：教务长胡敦复已经辞职，新聘的张伯苓一时难以到校莅任。自16日起，有关教务之事，均由范源廉代理。
因革命爆发停课
清华诞生之日，正值晚清政府风雨飘摇之时。不及半年，辛亥革命爆发，各地云集响应，举国震动。清政府在北京实行戒严，并封锁前线战事消息。吴宓在其日记中写道：“日来警报纷纭，一日数起，闻之殊令人惊惶异常。现北京各报，已为政府禁止登载各省乱事，以故一切详情难得确知。”
清政府的戒严与封锁，非但没有稳定人心，反而让市民更加惶恐不安。吴宓观察到“京师亦已戒严，派兵分驻各所。而市上各银行，日来迭遭倒闭。缘商民人等自闻乱事，纷纷执钞票向钱店索支现银，该银行等一时存款无多，不能应付，故有此现象。余入城时，信成银行及其他钱店门口，皆有多人拥挤喧嚣。巡警群驻，力为排解保护。而虽用现银至钱店亦不能兑得银圆，经济界之恐慌盖可想见”。
清华园僻处城外，无城内车马喧嚣，本是一处静心读书的好去处。此时，消息闭塞反而为各种传言提供了温床，加剧了学堂的紧张气氛。
清华学堂原定10月16日新学期开学，因为辛亥革命爆发后外事紧急，学部及外务部大臣都临时决定不参加，开学仪式被迫延缓举行，这无疑更增添了几分紧张气氛。
清华学堂校方则力图在动荡不安的形势面前维持正常的教育秩序，反复晓谕师生保持安定。10月18日星期三是圣诞节，“校中照例行礼谒圣，并放假一日”。
28日午后，清华学堂监督范源廉、唐国安到校，在食堂对学生发表演说：“谓此时危险之说摇撼人心，诸生纷纷离校，握亦实不敢必留诸君在此。但如此随便来去，殊于本校前途大有妨碍，自今日起，一概不准请假。凡欲去者，皆当作为自行退学，不能再算本校生徒；如留此者，则当照常上课。校中管理、教授一切事宜照常进行，与平日无异。据我思之，亦不至有甚危险。即有危险，我当竭力保护，然确当完全无与否，则亦不敢断言也。”
10月30日午后，唐国安再次对学生发表演说，谓：“今日所下五道诏谕，言自此乱事可平，诸生在此自无忧患矣。”
范源廉、唐国安的这番话，既希望学生留在校内，又不能保证学生安全，前后颇为矛盾。因此，两人的讲话并未能稳定学生情绪，相反让学生更觉形势危急。于是，出现了校方威胁学生离校将被开除与大量学生离校逃命的矛盾现象。吴宓写到“然此令下后，诸生之去者仍滔滔不绝，率皆自请退学”。 尽管如此，学生也希望争取学堂能准学生请假离校而不作为退学，遂派代表与学堂谈判。范、唐二人作出让步，“监督遂改订凡请假者以一月为限，如逾一月则必开除云云”。
随着形势越来越对清政府不利，11月5日傍晚，范源廉在高等科发表演说：“谓现在事情紧急，人心惶恐更非昔比。而学生中多数出校，现在诸位中国教员又皆纷纷请假辞退，教课之事殊难进行。故现在决定停课一月，如一月后事尚未定、人尚未齐，当再议延长之计。现在功课停止后，诸生中有愿意回家及他往逃避者，即可自由他往。如不愿他往及不能回家者，可仍留校中温理学课。饭食一切及管理诸事均如常日，诸管理员并美国教员及其眷属皆居此不去。”
范源廉表示，清华学堂校警已经全部由满人更换为汉人，且从18人规模扩大到20人，并将进一步扩充校警队伍。因此，留居清华非必有危险。接着，清华学堂监督唐国安与3名美国教师相继登台演说，亦劝慰同学不必惊惶。当晚，学生邓立斋等人在食堂召集学生开会，建议向校方提出申请，将学堂所有现金提出，分散给诸生，使各自奔逃回家。8日中午，高等科、中等科各派2人为代表，向校方提出散发旅费，以便学生各自逃命。
慌乱中，还有部分师生抱有一种希望，即利用清华学堂与美国的关系，借助校内一些美国教师，请美国使馆派兵来保护。或者美国使馆接美国教师入使馆躲避，顺便将留校学生一并带入使馆。11月5日晚，范源廉演说中即提到：美国公使答应事情紧急时，使馆将会派兵守护清华。
但是随着形势发展，美国公使函致清华学堂美国教员，称事变紧急，使馆兵额不足，自顾不暇，无法派兵守护此园。于是，许多美国教员搬出清华，或暂住城内，或离华返美。因此，借助美国使馆力量自保的希望也宣布破灭。
辛亥革命爆发后，清政府挪用这年“退还”的庚款去弥补支绌的军费，清华学堂的经费来源断绝。
在内外交困的情况下，11月8日晚8时，校方宣布：“事情紧急，美兵既不来保护，则实无法维持。故现定办法，将本学堂暂行解散，现仅余存款三千金，当分给诸生作旅费各谋他适，计每人可得二十元，明晨发给。凡职员、学生人等，统即于明晨搬出云云。”
自11月9日起，清华学堂停课。
改名为“清华学校”
1911年12月29日，各省代表会议在南京召开，选举孙中山为中华民国临时大总统。1912年1月1日，孙中山在南京就任中华民国临时大总统。1月3日，中华民国临时政府在南京成立。
革命可以得天下，但革命不能安天下。对此，孙中山等人对教育维护国家长治久安的重要性有深刻认识，政局刚一稳定，即把恢复教育秩序作为巩固革命胜利果实的一件大事来抓。孙中山明确指出：“学者，国之本也。若不从速修旧起废，鼓舞而振兴之，何以育人而培国脉?”
1月9日，教育部成立。1月19日，中华民国临时政府教育部颁布了《普通教育暂行办法》与《普通教育暂行课程标准》两个法令，作为新学制颁布前办理学校教育的依据。其中，《普通教育暂行办法》第一条规定“从前各项学堂，均改称为学校；监督、堂长应一律改称校长。”《办法》命令各地教育机构改名、废止教科书等，以显示与前清的区别。
待北京局势刚一稳定，清华即在国内各大报纸发布通告，宣布恢复上课。1912年5月1日，停顿了半年的清华学堂重新开学，但返校学生仅有360人。
由于辛亥革命爆发后影响课程教学，加之1912年中华民国政府无力支付赔款，自然也就没有所谓“退款”，清华无钱资送学生留洋。因此，清华重新开学后，原计划这年留洋的高等科三年级学生延期至1913年出国。世界著名化工专家、侯式制碱法发明人侯德榜即属于这一级。
根据教育部《普通教育暂行办法》，10月，清华学堂改称清华学校，将监督改称校长。唐国安任清华学校第一任校长，周诒春为副校长。周诒春并接替张伯苓兼任清华教务长。
自此，清华进入清华学校时期，至1928年改为“国立清华大学”，前后凡17年。
1900年，德、英、法、美、俄、日、意、奥等国组成“八国联军”，对中国发动侵略战争，镇压了义和团运动。1901年9月7日，清政府被迫与1l国代表签定了《辛丑条约》。《辛丑条约》第六款议定，清政府赔偿俄、德、法、英、美、日、意、奥8国及比、荷、西、葡、瑞典和挪威6个“受害国”的军费、损失费4.5亿两白银，赔款的期限为1902年至1940年，年息4厘，本息合计为9.8亿两，是为“庚子赔款”。其中，美国作为“八国联军”参战国之一，分得3000多万两(合2400多万美元)。
1904年12月上旬，中国驻美公使梁诚就中国的赔款是用黄金还是用白银一事，与美国国务卿海约翰交涉。谈话间海约翰透露出一句：“庚子赔案实属过多……”这一信息立刻被梁诚捕捉，他非常机敏地改变了谈判战略，不再去和海约翰纠缠赔款是用金还是用银，而是“乘其一隙之明，藉归已失之利”。于是他不放过任何机会，在美国国会及议员中四处游说退还不实赔款。经过几年艰苦努力，最终促使美国议会在1908年通过退款决议。
1909年1月1日起，美国开始“退还”其所多得的“庚子赔款”，并指定这笔钱用于选派学生赴美留学。7月10日，清政府外务部、学部奏请“在京师设立优美学务处，由外务部、学部派员管理，综司考选学生、遣送出洋、调查稽核一切适宜。并附设肄业馆一所，选取学生入馆试验，择其学行优美、资性纯笃者，随时送往美国肄业，以十分之八习农工商矿等科；以十分之二习法政理财师范诸学。”
同日，清政府颁布《遣派游美学生办法大纲》，确定了具体的招生办法。两部还提出全国各省名额分配办法：
至于学生名额，自应按照各省赔款数目分匀摊给，以示平允。其满洲、蒙古、汉军旗籍以及东三省内外蒙古、西藏亦应酌给名额，以昭公溥。
对外务部与学部设立游美肄业馆的奏请，军机大臣那桐等表示赞同，并派员各处觅地，最后确定为毗邻圆明园的清华园。清华园前身为熙春园，长期为皇子分封园林，当时面积约530亩。
外务部选中清华园，主要有两个因素：第一，清华园一带“卉木萧疏，泉流映带，清爽高旷，于卫生最为合宜”；第二，清华园距离京张铁路仅半里，交通便利，以后修筑图书馆、宿舍等教学和生活设施，“藏修游息各得其宜”。
1909年8月，游美学务处在630名考生中仅录取了47人作为第一批学生直接留美。这批学生中有后来成为清华校长的梅贻琦、金邦正，有著名的化学家张子高、著名生物学家秉志等。10月，这批学生由唐国安率领赴美留学，他们是清华历史上第一批留美生。
1910年和1911年游美学务处又分别招考了70人、63人为第二、三批直接留美生，其中第二批有赵元任、竺可桢、胡明复、胡适等人，第三批有姜立夫、陆懋德、杨光弼等人。胡明复、姜立夫分别于1917年、1918年获得哈佛大学博士学位，是中国现代数学最早的两位博士。
从1909年至1911年，三批直接留美生共计180人，这些留美生因是经过“品学甄别考试”后送去留美的，故又被称为“甄别生”。
胡适回忆1910年考选的情形：考试分两场，头场考国文和英文，国文试题是“不以规矩不能成方圆说”。胡适做了考据的文章，开头就说：“矩之作也，不可考矣。规之作也，其在周之末世乎?”显而易见，胡适的写法与出题者意愿大相违背，不料正好碰着看卷子的先生有考据癖，对胡适的文章特别赏识，批了100分。他英文考了60分，头场考试胡适平均得80分。可是第二场各门考试，胡适考得并不好，最后总平均仅得59分。幸亏这次考选出洋的有70个名额，胡适总算侥幸，考取了第55名。
1910年复试第一、二名为杨锡仁与赵元任，胡适对他们赞誉有加，常说他那一班最聪明的两位是考第一的杨锡仁和第二的赵元任，均为考第55名的自己所望尘莫及。
游美肄业馆的馆址确定为清华园后，外务部与学部即着手修理及建筑，原计划1910年秋可以完工，不料工人罢工数月，耽误时期。1911年2月，游美学务处和肄业馆迁入清华园，正式将肄业馆改名为清华学堂。
清华学堂设正副监督(相当于正副校长)3人，由游美学务处的总办周自齐和会办范源廉、唐国安分别兼任。
3月，清华学堂的学生在北京宣武门内学部举行了入学复试。共有468名学生参加复试，其中有由各省经初试录取后保送的184名、在京招考的学生141名和上一年备取的留美生143名。这批学生全部合格入学，其中五分之三被编入中等科，其余入高等科学习，成为清华最早的一批学生。他们当中有许多后来成为著名的学者，如侯德榜、金岳霖、戴芳澜、陈鹤琴、吴宓等。3月30日，清华学堂在清华园暂行开学。
金岳霖1911年考入清华，他是经过两次初试才参加复试，并直接考取了高等科。金岳霖后来回忆：“重要的是头一场考试，国文、算学、英文。英文我觉得不怕，算学靠运气，怕的是国文。我在湖南考过留美预备的中等科，国文题目是《‘士先器识而后文艺’论》，我不知道这是唐朝裴行俭的话，落选了。北京考场的国文题目是《人有不为而后可以有为义》，这就好办了……”
清华学堂旨在选送合格的留美人才，教学内容等也与留美密切相关。但清政府也很注意选择不同教育背景的人来管理学堂。1911年入学的胡光麃曾评论：“总办周先生是同文馆最早的学生，又有满清举人的身份(副榜，即举人备取)，换言之，他是科举出身。他没有正式留过学，英文是在中国学的，但做过驻美代办，旧金山、纽约总领事和古巴代办，资格极老。会办范源廉先生是留日的，在日本还办过法政速成班。唐国安先生则是个幼年生，曾与詹天佑、唐绍仪等同派出洋，是留美的。从这里我们可以看得出来，当时在人选上是很有配合的，教育背景上也不偏颇留美派或哪一派。”
进入民国后，范源廉任教育总长，周自齐任山东省长，唐国安因病早逝，他们均极为精明强干。
学制方面，1911年2月颁布的《清华学堂章程》规定，高等科与中等科各4年。“高等科注重专门教育，以美国大学及专门学堂为标准，其学程以四学年计，中等科为高等科之预备，其学程以四学年计。”不到半年，在教务长张伯苓推动下，游美学务处向外务部转清华学堂改变学制申请：“本学堂开办已历数月，征诸实验，觉向定章程与现在情形尚有未尽适宜之处，不能不酌量变通，以期完善。”这样，“四四”学制改为“三五”学制，“高等科三年毕业，中等科五年毕 业”。
清华学堂虽然在教学上“所有办法均照美国学堂”，但在行政管理上还摆脱不了封建王朝的气息。清华校名全称是“帝国清华学堂”，英文名Tsing Hua Imperial College。入学考试时，学堂监督周自齐穿着清朝官服高坐堂上，旁边考试官按省籍唱名：“浙江听点”、“江苏听点”……周自齐就用朱笔点名，有浓厚的科举考场习气。开学之日，周自齐、范源廉率众学生在礼堂向“皇帝万岁万万岁”牌行三跪九叩礼。有的学生为逃避此仪式，前一日已预先告假，或诈称腹痛，或假言发热等等，不一而足。
稚气未脱的年轻学子来到风景优美的王府花园读书，新鲜、自豪之情充盈于怀。毕业多年以后，陈鹤琴仍感情激昂地说：“我的清华时代，好像万象更新的新年，好像朝气蓬勃的春天。我的希望，非常远大；我的前途，非常光明；我的精神，非常饱满；我的勇气，非常旺盛；我的自信，非常坚强；我的自期，非常宏远。那时做人真觉得有无穷愉快。”
教务长胡敦复去职风波
清华学堂开学不久，即爆出教务长胡敦复辞职风波。
胡敦复是我国近代数学奠基人之一和数学界杰出的领导人。1909年，胡敦复在康奈尔大学获理学学士后，游美学务处总办周自齐请他回国负责游美学务处考选、遣送直接留美学生的工作。胡敦复为了能够选拔更多的有志青年出国学习西方科学知识，回来建设祖国，毅然放弃了在国外进一步深造的机会，应聘回到北京，参与了三批直接留美生的考选工作。清华学堂成立后，胡敦复任第一任教务长。
关于胡敦复去职，学堂监督周自齐曾解释：“胡先生为人才学极富，且就任以来办事亦极有条理，但诸种举动皆嫌过于专制，自拿主意，不与众商量，所以同那些美国教员很不和睦，而且性气高傲，连我们总办、监督全莫有放在眼中，众职员亦不喜他，而且学生中又有许多谣言。”周氏一席话，暂且不论对胡敦复办事能力的肯定与对其不免专制有所批评，后面“同那些美国教员很不和睦”一句，与《吴宓日记》等相印证，却是真正道出了胡敦复去职的原因。
据李济回忆，清华学堂当时“所有的课程，那时候最早都是由教务长胡敦复先生安排的”。我们看《吴宓日记》，可以了解当时课程设置的特点。胡敦复将全校课程依照难度分类，例如：英语有订立英文一、英文二，数学有数学一(笔算)、数学二(初等代数)、数学三(平面几何)、数学四(立体几何)、数学五(平面三角)、数学六(高等代数)、数学七(解析几何)、数学八(球面三角)等，由浅入深，由易及难。颁布全校课程表，每门课程标明授课老师、上课地点与时间以及参考书目等。学生经过老师口试而不用分班考试，被制定修习不同难度课程。这是一种效率较高、能兼顾不同层次学生需求的办法，类似现在通行的大学选课之法。但这种课程设置，遭到了在校内占有势地位的美籍教师的反对。
此外，胡敦复重视理工科，也与美籍教师重视英文、欧美史地等课程存在分歧。美籍教师主张“学生先把英文学好，还要着重学美国历史、地理，自然科学课程可到美国去学，在校内只学点最浅的”。
当时学堂的美籍教师，由外务部转托美国男女基督教青年会直接从美国聘来，多数是美国普通中学(High School)教员，难以适应胡敦复这种类似大学教育的制度。此外，胡敦复聘请的多位中国教师，不少人是其南洋公学同学，擅长数学、理化等科学，学生甚为钦服。而部分美国教师，薪俸远比中国教师高，但只能授低浅之课程，为学生所轻视，遂对胡敦复渐生不满。
1911年6月初，美籍教师向中国外务部提出：“胡敦复教务长不能与美国教师合作，应即撤换。”外务部以清华为美国退还之“庚子赔款”所办(开办经费，银100万两；常年经费，银60万两)，敢不听从，立饬令胡敦复“自请辞去清华教务长职”，而改聘天津私立南开中学校长张寿春(伯苓)为清华教务长。于是，吴宓眼中“俊秀而和厚，极为学生所爱戴”的胡敦复教务长，被迫辞职，由张伯苓接替。
1911年5月15日晚，清华学堂监督范源廉发出告示：教务长胡敦复已经辞职，新聘的张伯苓一时难以到校莅任。自16日起，有关教务之事，均由范源廉代理。
因革命爆发停课
清华诞生之日，正值晚清政府风雨飘摇之时。不及半年，辛亥革命爆发，各地云集响应，举国震动。清政府在北京实行戒严，并封锁前线战事消息。吴宓在其日记中写道：“日来警报纷纭，一日数起，闻之殊令人惊惶异常。现北京各报，已为政府禁止登载各省乱事，以故一切详情难得确知。”
清政府的戒严与封锁，非但没有稳定人心，反而让市民更加惶恐不安。吴宓观察到“京师亦已戒严，派兵分驻各所。而市上各银行，日来迭遭倒闭。缘商民人等自闻乱事，纷纷执钞票向钱店索支现银，该银行等一时存款无多，不能应付，故有此现象。余入城时，信成银行及其他钱店门口，皆有多人拥挤喧嚣。巡警群驻，力为排解保护。而虽用现银至钱店亦不能兑得银圆，经济界之恐慌盖可想见”。
清华园僻处城外，无城内车马喧嚣，本是一处静心读书的好去处。此时，消息闭塞反而为各种传言提供了温床，加剧了学堂的紧张气氛。
清华学堂原定10月16日新学期开学，因为辛亥革命爆发后外事紧急，学部及外务部大臣都临时决定不参加，开学仪式被迫延缓举行，这无疑更增添了几分紧张气氛。
清华学堂校方则力图在动荡不安的形势面前维持正常的教育秩序，反复晓谕师生保持安定。10月18日星期三是圣诞节，“校中照例行礼谒圣，并放假一日”。
28日午后，清华学堂监督范源廉、唐国安到校，在食堂对学生发表演说：“谓此时危险之说摇撼人心，诸生纷纷离校，握亦实不敢必留诸君在此。但如此随便来去，殊于本校前途大有妨碍，自今日起，一概不准请假。凡欲去者，皆当作为自行退学，不能再算本校生徒；如留此者，则当照常上课。校中管理、教授一切事宜照常进行，与平日无异。据我思之，亦不至有甚危险。即有危险，我当竭力保护，然确当完全无与否，则亦不敢断言也。”
10月30日午后，唐国安再次对学生发表演说，谓：“今日所下五道诏谕，言自此乱事可平，诸生在此自无忧患矣。”
范源廉、唐国安的这番话，既希望学生留在校内，又不能保证学生安全，前后颇为矛盾。因此，两人的讲话并未能稳定学生情绪，相反让学生更觉形势危急。于是，出现了校方威胁学生离校将被开除与大量学生离校逃命的矛盾现象。吴宓写到“然此令下后，诸生之去者仍滔滔不绝，率皆自请退学”。 尽管如此，学生也希望争取学堂能准学生请假离校而不作为退学，遂派代表与学堂谈判。范、唐二人作出让步，“监督遂改订凡请假者以一月为限，如逾一月则必开除云云”。
随着形势越来越对清政府不利，11月5日傍晚，范源廉在高等科发表演说：“谓现在事情紧急，人心惶恐更非昔比。而学生中多数出校，现在诸位中国教员又皆纷纷请假辞退，教课之事殊难进行。故现在决定停课一月，如一月后事尚未定、人尚未齐，当再议延长之计。现在功课停止后，诸生中有愿意回家及他往逃避者，即可自由他往。如不愿他往及不能回家者，可仍留校中温理学课。饭食一切及管理诸事均如常日，诸管理员并美国教员及其眷属皆居此不去。”
范源廉表示，清华学堂校警已经全部由满人更换为汉人，且从18人规模扩大到20人，并将进一步扩充校警队伍。因此，留居清华非必有危险。接着，清华学堂监督唐国安与3名美国教师相继登台演说，亦劝慰同学不必惊惶。当晚，学生邓立斋等人在食堂召集学生开会，建议向校方提出申请，将学堂所有现金提出，分散给诸生，使各自奔逃回家。8日中午，高等科、中等科各派2人为代表，向校方提出散发旅费，以便学生各自逃命。
慌乱中，还有部分师生抱有一种希望，即利用清华学堂与美国的关系，借助校内一些美国教师，请美国使馆派兵来保护。或者美国使馆接美国教师入使馆躲避，顺便将留校学生一并带入使馆。11月5日晚，范源廉演说中即提到：美国公使答应事情紧急时，使馆将会派兵守护清华。
但是随着形势发展，美国公使函致清华学堂美国教员，称事变紧急，使馆兵额不足，自顾不暇，无法派兵守护此园。于是，许多美国教员搬出清华，或暂住城内，或离华返美。因此，借助美国使馆力量自保的希望也宣布破灭。
辛亥革命爆发后，清政府挪用这年“退还”的庚款去弥补支绌的军费，清华学堂的经费来源断绝。
在内外交困的情况下，11月8日晚8时，校方宣布：“事情紧急，美兵既不来保护，则实无法维持。故现定办法，将本学堂暂行解散，现仅余存款三千金，当分给诸生作旅费各谋他适，计每人可得二十元，明晨发给。凡职员、学生人等，统即于明晨搬出云云。”
自11月9日起，清华学堂停课。
改名为“清华学校”
1911年12月29日，各省代表会议在南京召开，选举孙中山为中华民国临时大总统。1912年1月1日，孙中山在南京就任中华民国临时大总统。1月3日，中华民国临时政府在南京成立。
革命可以得天下，但革命不能安天下。对此，孙中山等人对教育维护国家长治久安的重要性有深刻认识，政局刚一稳定，即把恢复教育秩序作为巩固革命胜利果实的一件大事来抓。孙中山明确指出：“学者，国之本也。若不从速修旧起废，鼓舞而振兴之，何以育人而培国脉?”
1月9日，教育部成立。1月19日，中华民国临时政府教育部颁布了《普通教育暂行办法》与《普通教育暂行课程标准》两个法令，作为新学制颁布前办理学校教育的依据。其中，《普通教育暂行办法》第一条规定“从前各项学堂，均改称为学校；监督、堂长应一律改称校长。”《办法》命令各地教育机构改名、废止教科书等，以显示与前清的区别。
待北京局势刚一稳定，清华即在国内各大报纸发布通告，宣布恢复上课。1912年5月1日，停顿了半年的清华学堂重新开学，但返校学生仅有360人。
由于辛亥革命爆发后影响课程教学，加之1912年中华民国政府无力支付赔款，自然也就没有所谓“退款”，清华无钱资送学生留洋。因此，清华重新开学后，原计划这年留洋的高等科三年级学生延期至1913年出国。世界著名化工专家、侯式制碱法发明人侯德榜即属于这一级。
根据教育部《普通教育暂行办法》，10月，清华学堂改称清华学校，将监督改称校长。唐国安任清华学校第一任校长，周诒春为副校长。周诒春并接替张伯苓兼任清华教务长。
自此，清华进入清华学校时期，至1928年改为“国立清华大学”，前后凡17年。