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2004年3月至2006年5月，对南水北调中线水源区浮游生物群落进行了调查。结果显示，浮游植物8门、67属、161种（含变种），硅藻占总数的39％，污染指示种21属、24种（含变种），β-中营养型占38％；浮游动物27属、41种（含变种），原生动物占总数的49％，仅有3种污染指示种；在检出的浮游生物中未发现水体重污染指示种。综合评价水源区为寡污型水体，处于中营养状态，能够满足调水的要求。