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目的了解手足口病的流行期和非流行期在园儿童肠道病毒EV71与柯萨奇病毒CoxA16携带水平。方法采用随机整体抽样方法．对3家幼儿园5岁以下儿童采集咽拭子，进行实时荧光PCR检测。结果非流行期176名在园儿童有4名CoxA16阳性，阳性率为2．3％，2名EV71阳性，阳性率为1．1％。流行期216名在园儿童有7名CoxA16阳性，阳性率为3．2％，5名EV71阳性，阳性率为2．3％。结论深圳某地手足口病在流行期和非流行期，在园儿童病原体携带无显著差异；应采取措施加强对手足口病的预防和控制工作。