为研究马口鱼不同生长阶段肠道菌群的结构差异，找出影响肠道菌群结构差异的因素。采用Illumina Hiseq2500高通量测序技术分析了2月龄、5月龄、9月龄的马口鱼肠道菌群结构，并对2月龄、5月龄、9月龄马口鱼的生长性能和养殖水质进行了检测。生长性能检测结果显示：从体重来看，2月龄、5月龄、9月龄马口鱼呈递增关系，但2月龄、5月龄存在显著性差异，5月龄、9月龄马口鱼无显著性差异；从体长来看，2月龄、5月龄、9月龄马口鱼也呈递增关系，2月龄、5月龄、9月龄马口鱼之间均存在显著性差异；从肥满度来看，5月龄与2月龄、9月龄马口鱼均存在显著性差异，2月龄、9月龄马口鱼无显著性差异，2月龄、5月龄、9月龄马口鱼呈先增长后下降关系。养殖水质检测结果显示：2月龄、5月龄、9月龄马口鱼养殖水质pH值和养殖水温均有显著性差异，2月龄、5月龄马口鱼的溶解氧无显著性差异；2月龄、9月龄马口鱼溶解氧存在显著性差异，5月龄、9月龄马口鱼溶解氧存在显著性差异。微生物分析描述物种丰富度的指标中，从ACE来看，2月龄、5月龄马口鱼存在显著性差异，而9月龄和2月龄、5月龄马口鱼均无显著性差异；从Chaol指数来看，2月龄、9月龄均与5月龄马口鱼存在显著性差异，2月龄、9月龄马口鱼无显著性差异。从多样性指数（Shannon指数和Simpson指数）来看，2月龄、9月龄马口鱼均与5月龄马口鱼存在显著性差异，2月龄、9月龄马口鱼无显著性差异。从肠道菌群组成分析来看，2月龄、5月龄马口鱼以气单胞菌属（Aeromonas）、鲸蜡杆菌属（Cetobacterium）为主导菌属，9月龄马口鱼这2种菌属（气单胞菌属、鲸蜡杆菌属）几乎消失，出现了更多种类的其他菌属。2月龄、5月龄马口鱼以变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、梭杆菌门（Fusobacteriota）为主，占比达到81.0%～99.6%。9月龄马口鱼梭杆菌门（Fusobacteriota）消失。2月龄、9月龄马口鱼细菌群落结构呈现高度相似性。综合上述，当喂养饲料不发生变化时，养殖水温是影响马口鱼菌属的因素之一；马口鱼肠道菌群丰富度和多样性和马口鱼的肥满度变化规律相同。