【摘 要】
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目的:分析半夏转录组中的SSR位点信息,并设计SSR引物,为开发新的分子标记奠定基础。方法:利用EST-trimmer和cross-match对转录组测序获得的unigene进行过滤,除去冗杂序列;利
【机 构】
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中南林业科技大学林学院,云南农业大学/云南省优势中药材规范化种植工程研究中心,
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目的:分析半夏转录组中的SSR位点信息,并设计SSR引物,为开发新的分子标记奠定基础。方法:利用EST-trimmer和cross-match对转录组测序获得的unigene进行过滤,除去冗杂序列;利用MISA对无冗余unigene进行SSR搜索。结果:从搜索序列中发现14 468个SSR,分布于12 000条unigene中,出现频率为16.24%,分布密度为1/4.33 kb。二核苷酸和三核苷酸是主要重复类型,分别占SSR总数的51.15%和41.50%。AG/CT和CCG/CGG分别是二核苷酸和三核苷酸的优势重复基元,分别占41.54%和11.84%。87.14%的基序长度集中在12~20bp。结论:半夏转录组SSR位点出现频率高、类型丰富、密度大、多态性潜能较高,在半夏遗传多样性研究、分子标记辅助育种、遗传图谱绘制等方面具有很大的应用潜力。
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