城市和乡村在长期的社会发展中形成了复杂的相互依存的区域关系,城乡的整体性和相互依存性是推进城乡一体化的社会、经济、文化和制度基础,中国长期的二元区域治理模式导致了区域空间的城乡割裂,推进城乡一体化既是社会发展的客观规律,也是我国近期解决区域矛盾、缩小城乡差距的制度安排。在推进城乡一体化的进程中,仅仅优化区域空间结构、优化城乡关系制度是不够的,还必须优化府际关系,形成新的区域治理主体关系。国家与区域治理的主体是政府,政府要有效治理国家和区域,就必须建构一套有效的政府体系。政府体系的构建,需要从政府的职能与使命出发,也要从全面管理社会的需要出发,政府职能是与时俱进的,府际关系也需要适时调整。通过对城乡一体化背景下府际关系优化的必要性出发,审视了我国现行的府际关系,提出了重构府际关系的三条线索;依据推进城乡一体化的实践,提出了基于城乡一体化的不同层级政府职能与政府职责的转型要点。