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根据复杂仿真系统具备随机性、严格时序逻辑性等工程实际特点,提出一种以隐Markov模型（HMM）为基础,利用多元统计理论定量分析复杂仿真系统运行有效性的评价方法.在引入状态观测向量矩阵的基础上,详细介绍了量化描述仿真剧情、复杂仿真系统运行状态的HMM的建立方法,给出了复杂仿真系统运行有效性评价准则,并针对评价过程中的关键算法进行了深入研究.