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纳日贡玛铜(钼)矿床矿体主要产于喜山早期的黑云母花岗斑岩体内。矿石矿物主要有辉钼矿、黄铜矿、斑铜矿、辉铜矿等含有少量其它硫化物和硫盐矿物;脉石矿物主要有黄铁矿、方铅矿、闪锌矿、磁黄铁矿、毒砂、石英、长石、绢云母、方解石、绿泥石等,是一大型的铜(钼)矿床。结合地质背景、矿床地质特征及成矿温度进行分析,初步认为该矿床成矿作用过程可划分为两期三阶段。