【摘 要】
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水环境病原菌对人类和水生动物的健康以及水产品生物安全带来了重大威胁,是公共卫生、水产养殖、食品安全等行业的重点监测对象.然而水环境病原菌数据库建设相对滞后,相关数据库分散在临床医学和水产动物病害等领域,且缺乏信息交流与融合,完整性仅限于各自独立的学科,不能满足区域尺度或生态学视角下,大规模水源性病原鉴定及生物安全评价等高通量监测的需求.因此,本研究通过整理人类介水传染病、水生动物、哺乳动物、植物和跨宿主疾病等7大类细菌病原信息,构建多线程可调度通讯模型和全局序列匹配算法,开发了水环境细菌病原数据库(DPi
【机 构】
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宁波大学,农产品质量安全危害因子与风险防控国家重点实验室,浙江宁波315211;宁波大学海洋学院,浙江海洋高效健康养殖协同创新中心,浙江宁波315211;国家海洋局东海预报中心,上海200136
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水环境病原菌对人类和水生动物的健康以及水产品生物安全带来了重大威胁,是公共卫生、水产养殖、食品安全等行业的重点监测对象.然而水环境病原菌数据库建设相对滞后,相关数据库分散在临床医学和水产动物病害等领域,且缺乏信息交流与融合,完整性仅限于各自独立的学科,不能满足区域尺度或生态学视角下,大规模水源性病原鉴定及生物安全评价等高通量监测的需求.因此,本研究通过整理人类介水传染病、水生动物、哺乳动物、植物和跨宿主疾病等7大类细菌病原信息,构建多线程可调度通讯模型和全局序列匹配算法,开发了水环境细菌病原数据库(DPiWE,dayuz.com).DPiWE收集了14门、27纲、54目、116科、221属、1097种、9070株细菌病原的物种分类、16S rRNA基因、宿主(195种)和感染类型(21种)信息.并在Web端实现信息检索、序列比对和注释结果可视化等功能.案例分析显示,DPiWE构建的系统发育网络,清晰地将养殖环境菌株DS10-D19划分为鳆发光杆菌;用DPiWE对海水混养系统细菌高通量测序结果进行注释,揭示3种养殖动物病原分布具有明显差异,患病组水体有传播人体和鱼类共患病病原的风险.DPiWE及配套分析流程可为水环境生物安全高通量评价、渔业生态健康维护和水产动物病害个性化防治提供新的思路和数据基础.
其他文献
为研究饲料中海带酶解提取物对斑点叉尾鮰生长和肝脏转录组表达的影响,在日粮中分别添加0 g/kg(S,对照组)、0.3 g/kg (KP3)、0.5 g/kg (KP5)、1.0 g/kg (KP10)、1.5 g/kg (KP 15)、2.0 g/kg(KP20)的海带酶解提取物,以初始体质量为(51.18±1.14)g的斑点叉尾鮰为实验对象,随机分为6组,每组3个重复,每个重复40尾鱼,在池塘网箱中养殖60 d.结果 显示:①与对照组(S)相比,饲料添加海带酶解提取物对斑点叉尾鮰的存活率(SR)没有显著
合理选取标志放流鱼的规格是成功监测放流鱼类动态及评估增殖效果的关键步骤.本研究以黄鳍棘鲷为对象,通过2个实验评价标志鱼的适宜规格.实验1对比了4种体长的黄鳍棘鲷(平均体长5、7、11和14 cm)作T型标志后其生长、存活和标志保留情况,并利用逻辑斯蒂回归模型分别分析标志鱼存活率和标志保留率的规格特异性;实验2模拟了不同混合比例下2种体长黄鳍棘鲷标志鱼与不标志鱼的捕捞情况,并利用重抽样方法对捕捞结果作计算机重抽样,分析2种鱼能否充分混合以及标志鱼的规格、比例对捕捞结果的影响.结果 显示:①7、11和14 c
以草鱼为研究对象,系统研究了溶血对肝脏的损伤机制,以揭示血红蛋白对机体的损伤作用.首先在体内注射血红蛋白,通过苏木精-伊红染色(H.E)发现注射血红蛋白组的肝脏组织中坏死细胞明显增多,普鲁士蓝染色揭示肝脏中存在大量的铁沉积,进一步的实时定量PCR (qRT-PCR)检测结果显示,注射的血红蛋白激活了铁代谢相关基因的表达.为进一步探究体内出血对肝脏的影响,实验通过体内注射苯肼模拟体内出血,H.E和普鲁士蓝染色结果表明,大量的溶血导致肝脏细胞坏死和铁的沉积增加,通过检测肝脏中血红蛋白和铁含量发现,苯肼组中,肝
能量与营养物质的正常获取是维系造礁石珊瑚生命活动的基础,这主要与其两种营养方式——光合自养和异养营养有关.当前,国内外学者对造礁石珊瑚的研究以光合自养为主,而对其异养营养的认识则相对不足.基于此,本研究以鹿回头礁区(海南三亚)的3种代表性造礁石珊瑚——丛生盔形珊瑚、鹿角杯形珊瑚和美丽鹿角珊瑚为对象,通过投喂丰年虫无节幼体、水族用桡足类、酵母浸出粉溶液及水族珊瑚粮这4种食物,探讨了3种造礁石珊瑚的食性、摄食方式.结果 显示,丛生盔形珊瑚对上述4种食物均表现出明显的摄食行为;相反,美丽鹿角珊瑚对4种食物均不表
BP神经网络模型作为一种常用的机器学习方法,被广泛应用于物种分布模型,以解析生物分布与环境因子的关系.与传统回归模型相比,该模型可以灵活处理变量间的非线性关系,但其结构复杂,在参数设置方面存在不确定性,从而影响模型的预测与应用.根据2016-2017年山东近海口虾蛄渔业资源调查与环境数据,利用BP神经网络模型构建口虾蛄资源分布模型,同时利用数据分组处理算法(group method of data hand-ling,GMDH)、遗传算法(genetic algorithm,GA)和自适应算法(adapt
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为掌握影响我国沿海刺网渔船网具遗失率(RG)的因子及其程度,对中国沿海渔民开展了问卷调查.利用调查数据,结合GAM模型分析了影响我国刺网渔船网具遗失率的因子及其程度.结果 显示:①影响我国沿海刺网渔船网具遗失率的因子(解释偏差)分别为单航次天数(86.8％)、年作业天数(4.2％)、单航次渔具携带重量(2.8％)、作业水深(2.4％)、渔船吨位(0.9％)和年均渔具采购数量(0.1％);②GAM模型能用于研究渔船网具遗失率和影响因子之间的关系;③随着单航次天数和年作业天数的增加,RG呈上升的趋势;④随着作
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