生物多样性和生态系统服务的保护与可持续管理是当今世界面临的重大挑战之一，但如何判识与优化集成生态系统服务与生物多样性保护对象的保护优先区网络，相关研究还很有限。针对“三江并流”区，选取珍稀濒危与特有动植物物种和自然植被类型作为生物多样性保护对象，以调节服务（碳存储、固碳和土壤保持）、文化服务（自然游憩）和供给服务（水源供给）为生态系统服务保护对象。应用系统保护规划方法，首先判识出单一生物多样性和生态系统服务保护优先区；然后，分析这些保护优先区间的相关关系，并选择与生物多样性正相关的生态系统服务类型，判识集成生态系统服务与生物多样性的保护优先区；最后，评估了集成生态系统服务与生物多样性保护优先区在六类已建保护地中的保护状况。结果表明：（1）“三江并流”区多情景规划得到的生物多样性与生态系统服务保护优先区之间均呈正相关关系；（2）与分别针对生态系统服务和生物多样性的规划情景相比，集成生态系统服务与生物多样性保护优先区能够同时对两类保护对象提供最高的保护覆盖率；（3）集成生态系统服务和生物多样性保护优先区占研究区总面积的48.9%,其已建保护地覆盖率为32.5%,说明现有保护地体系仍存在保护空缺。