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泌尿生殖道沙眼衣原体感染以细胞培养法为实验室诊断的金标准，但因其敏感性较低等原因已逐步被非培养法所取代。血清学检测方法在Ct感染诊断中意义不大。核酸探针检测法特异性高，速度快，已成为Ct感染诊断的有效方法。核酸扩增法是目前诊断和筛查Ct感染最敏感的方法。单克隆抗体的问接酶联免疫吸附试验有望成为Uu血清分型的有效方法。LC-PCR可作为Mg感染的常规诊断方法。实时PCR已成为目前Mh最常见的检测方式。