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国家设立的研究开发机构的法律性质本质上反映了法律对国家公共科研体系的确认。中国科学院是我国最具代表性的国立科研机构,由政府文件确认的国务院直属事业单位和事实形态上的科学院法人组织集合体系,都在一定程度上赋予了它独特的法律性质。但缺乏法律依据的国务院直属事业单位性质、主体指向不明的法人地位和院所两级法人关系中的制度盲区,都已成为制约国立科研机构治理现代化的重大制度问题。当前亟待从专门立法确认法律性质、健全现行法律规定等方面,制度性重构和改革国立科研机构的法律性质。